Array Designer：用于快速、高效设计特定寡聚体的微阵列软件，用于制作全基因组阵列、平铺阵列和重排序阵列
ArrayDesigner有效地设计了数百个用于SNP检测或表达研究的特异性寡核苷酸，或数百个用于cDNA微阵列的PCR引物对。您可以有效地检索、分析和存储数据。通过检测整个基因组中的每一个基因或外显子，对转录体进行特征描述，发现差异性和选择性剪接的转录体，SNP发现和基因分型，轻松地研究整个生物体，个体或群体DNA序列变异与比较基因组杂交（CGH）。
寡核苷酸和cDNA芯片设计软件
Array Designer在几秒钟内为寡核苷酸和cDNA微阵列设计了数千个引物和探头。设计了SNP检测探头、基因芯片表达探头和基因表达谱探头。此外，还提供了对平铺阵列和重排序阵列的全面支持。
特定设计的BLAST搜索
Array Designer通过解释针对NCBI或本地定制数据库提供的任何基因组数据库执行的BLAST搜索结果来设计高度特定的寡头。在设计寡聚物时，识别出的任何重要同系物都会自动避免。识别并自动避免重复区域。
标准阵列设计
您可以在一次搜索运行中为多个序列的SNP检测和基因表达谱分析设计引物和探头。我们的客户通常一次选择超过10000个序列。
全基因组阵列
使用Array Designer，您可以通过检测整个基因组中的每个基因或外显子，轻松地研究整个生物体的基因组成。这使得在个体或群体中很容易发现差异和交替剪接的转录物、SNPs、DNA序列变异和比较基因组杂交（CGH）。
平铺数组
您可以发现长基因组序列的每一个碱基，也就是全基因组扩增，避免重复区域。设计阵列来表征调控元件，或研究表观遗传修饰、甲基化模式和蛋白质结合位点从来没有这么容易。
重排序数组
Array Designer设计了重排序数组，使用这些数组可以在大量样本中检测SNP和其他序列变化。重排序阵列设计中的一个常见问题是模板间交叉杂交引起的伪基调用。利用我们称之为project BLAST的独特的特性，您可以识别并避免产生误报的同源区域。
ArrayDesigner的功能介绍
芯片基因表达
BLAST搜索
SNP检测和SNP基因分型
基于阵列设计的SNP检测与基因分型
使用Array Designer，您可以为杂交和引物延伸分析设计SNP探头。Array Designer设计野生和变异探头。您也可以设计PCR引物来扩增SNP位点。
SNP检测和基因分型的简易步骤
加载SNP：可以加载数千个SNP，用于设计SNP检测和基因分型探头。SNP可以定义为GenBank文件格式的变体特性。要加载未发布的SNP信息，可以在提供的模板的帮助下将序列数据重新格式化为类似GenBank的格式，也可以使用Add SNP选项将SNP信息添加到项目中已加载的序列中。
设计SNP杂交探头：对于SNP检测分析，使用“探头中心的SNP”选项设计野生和突变探头。对于引物延伸分析，选择'3'端-单核苷酸位置上游的一个碱基选项。这个功能对SNP基因分型很有用。
定义探头输出：根据需要可以设计单个或多个探头。对于多个探测，可以指定探测（探测或反探测）和探测之间的最小距离。
什么是SNP？
单核苷酸多态性Single Nucleotide Polymorphism(SNP)是指一个物种的成员之间或个体的成对染色体之间DNA序列中的一对碱基的变异。这些多态性可能影响有机体如何发展疾病以及对化学物质和药物的反应。因此，SNPs在生物医学研究和药物开发中具有重要价值。SNP检测和基因分型可用于解释和诊断许多疾病，研究药物反应的变化，建立生物材料的起源，研究个体之间的关联性。
测序是一种流行的SNP基因分型方法，但与基于微阵列的方法相比，这种方法更为昂贵和耗时。DNA微阵列代表了一个能够进行SNP基因分型的技术平台。微阵列允许同时测试多达数百个SNP。
全基因组阵列
利用Array Designer进行全基因组阵列设计
Array Designer可以用来查询您选择的基因/外显子或任何其他DNA片段。以下是Array Designer提供的全基因组阵列设计选项：
按位置探测：检测整个基因组上的感兴趣区域。
等大小片段探头：程序将整个基因组分成等大小片段，并为每一个片段设计探头。
注释式探头：此选项帮助您为每个外显子或基因设计探头。基因/外显子使用GenBank文件注释解决，或者可以手动指定。
什么是全基因组阵列？
全基因组阵列实验使用基于阵列的杂交技术扫描生物体的整个基因组。这项技术有助于研究所有基因、转录物或大部分基因组的表达水平，同时具有高度的重复性和敏感性。这是通过一组覆盖整个基因组的重叠寡核苷酸探头来实现的。
全基因组阵列的发展代表了新微阵列应用的另一个重要进展。全基因组阵列对于研究trancriptomes和天然反义转录本的了解甚少的方面是有用的，因为它们可以同时监测基因组的两条链上的基因表达。他们被发现对发现新基因非常有用。
拼接阵列
用拼接引物和探头在Array Designer中扩增全基因组
Array Designer可以自动设计引物和探头用于平铺阵列。使用Array Designer，您可以设计平铺阵列，以发现长基因组序列的每个碱基，同时避免重复区域。
Array Designer使用“Overlapping Amplicon”选项帮助您确定目标DNA序列的每个碱基。顾名思义，这个选项输出产生重叠扩增子的引物，这样就不会有碱基对未被检测到。引物设计的另一个选择是“Distinct Amplicon”选项。产生的放大倍数可以接近一对碱基，这取决于您选择的灵敏度。
拼接阵列引物设计
Array Designer可以设计重叠和非重叠的引物来产生不同的或重叠的扩增子，用于全基因组扩增取决于所需的灵敏度。
Array Designer设计拼接阵列，避免重复区域的引物设计。这些区域使用“Repeat Masker”遮罩。所有三个输出选项（X、N和小写）都由Array Designer识别。
Array Designer通过放松设计参数，帮助您重新设计失败片段的平铺引物。
拼接阵列探头设计
Array Designer设计了均匀分布在基因组上的探头，有助于全基因组分析许多重要的生物学功能，包括染色质修饰位点和DNA甲基化位点。
Array Designer设计重叠的探头，覆盖整个基因组区域，促进全基因组分析。
全基因组扩增
全基因组平铺阵列可以克服许多局限性，通过全面探测基因组的所有区域中的转录。全基因组高密度拼接阵列为全基因组扩增提供了通用的基因组分析平台。通过全基因组扩增将微阵列拼接，您可以探索其他全基因组结构/功能关系，包括转录因子结合位点、染色质修饰位点、DNA甲基化位点甚至复制染色体起源的全球研究。
重新排序阵列
重排序探头设计
除了SNP检测和基因表达探头外，Array Designer还设计用于重排序阵列的探头。通过自定义重新排序数组，您可以在大量样本中检测SNP和其他序列变异，例如生物战病原体研究、易感性和抵抗疾病或发现表型性状的遗传基础。
设计杂交重测序芯片的挑战在于尽可能降低假阳性率。Array Designer提供了一种创新和独特的project BLAST能力，可以识别这些区域，并推荐多芯片解决方案。
您可以简单地连接到流行的Repeat Masker，而且Array Designer可以避免创建可能产生误报的点。
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