1200年朱熹去世，不久，程朱理学被南宋官方奉为正统。在北方，元灭金后，程朱理学也被忽必烈推崇为正统，其功，则在许衡，1209--1281。他是元朝最出色的理学家、教育家，是程朱理学在元朝最重要的传承发扬者。1279年元统一中国之后，程朱理学得以延续不断，和许衡有直接关系。他受到忽必烈的重用，在文化教育方面，忽必烈尽从许衡。许衡通天文历法，和郭守敬等根据阿拉伯传入的历法编订了新的《授时历》。不仅在文化教育上，在平常的行为实践上，许衡严格遵从程朱理学，凡事尽从其理，不从私欲，在朝常犯颜直谏，有魏征之名，有不食路边无主之梨之世传典故。
朝鲜（今朝鲜和韩国）在13世纪末期自元朝引入程朱理学，便一直尊奉程朱理学为文化正统。降清之后，朝鲜表面上向满清臣服，却心怀鄙视和不满。原因有三点，其一，明朝多次帮助朝鲜抗倭成功，比如壬辰年的鸣梁海战，朝鲜认为明朝对其有再造之恩，而对明朝念念不忘；其二，皇太极1636年征服朝鲜，朝鲜表面臣服，心里憎恨，称满清为“夷虏”，称满清皇帝为“胡皇”；其三，根据朱熹的正统论，朝鲜不承认满清统治中国的合法性，诸位理学大儒如宋时烈(1607—1689)、成海应(1760—1839)、金平默(1805—1882)、柳重教(1832—1893)，贯穿整个满清时期，皆奉程朱之学，从正统论上否认满清，而一直沿用崇祯年号，定时祭祀万历和崇祯，服饰等各个方面与明时无异。当他们看到中国人的辫子和服饰的时候，便认为自己才是中华文明的传承者，甚至以“小中华”自居。朝鲜儒士到了满清，特别关注文化教育，看满清政府是否认真推崇程朱理学，结果，还真就发现了问题。
满清入关之前，皇太极已经开始实行中原文化，入关之后，满清政府依然继续尊奉程朱理学，但是，因为其中的正统论之说，却遭遇尴尬，结果，表面上尊奉，实际上，多有抑制。
巧的是，明末清初，果然有一些学派反对程朱理学。他们推崇孔孟，鼓吹两汉经学，否认理先器后，反对理学。代表人物有颜元（号习斋），黄宗羲，王船山，戴东原等。
习斋等认为宋时的理学不是纯粹的孔孟儒学，认为追求孔孟圣贤之道，应该从两汉的经学着手，理由居然是因为汉在时代上更靠近孔孟。
在习斋等看来，汉之后的理性认识成果全是没用的，只晓得去学孔子的“六艺”。
“故仆妄论宋儒，谓是集汉晋释老之大成者则可，谓是尧舜周孔之正派则不可。......某为此惧，著《存性》一编，申明尧舜周孔三事六府六德六行六艺之道。”《上太仓陆桴亭先生书》，《存学编》。
所谓三事，即正德，利用，厚生，所谓六府，即金木水火土谷，所谓六德，即知，仁，圣，义，忠，和，所谓六行，即孝，友，睦，姻，任，恤，所谓六艺，即礼，乐，射，御，书，数。对于格物致知的对象，习斋也仅限制在这几个“六”上面。
写到这里，我联想到马戛尔尼的《1793乾隆英使觐见记》所描述的满清将军看到英国最先进的火炮时所表现出来的麻木自大。看来，大概是因为习斋之流的影响，而只知为人之仁义，不知事物之道理。
对于理，他认为不存在如程朱所说的可以脱离具体事物而存在的形而上之理，认为宇宙之根本就是气，气构成了万物，没有具体事物，就没有具体事物之理。遗憾的是，黄宗羲，王船山，戴东原等人也是这样的观点。
“无非是气是理也。知理气融为一片，则知阴阳二气，天道之良能也。”《存性编》
“盈天地间，一气也。气即理也。天得之以为天，地得之以为地，人物得之以为人物，一也。”刘宗周之《刘子全书》。
“夫大化之流行，只有一气，充周无间。”黄宗羲之《南雷文案》。
“天地间只理与气，气载理而以秩序乎气。”；“盖言心，言性，言天，言理，俱必在气上说。若无气处，则俱无也。”王船山之《读四书大全》
他们不懂形而上之理指的是存在之本质之理，却如最浅薄的感受那样，把这个形式只当作具体事物所表现出来的肉眼可见的形状。
“天下惟器而已矣。道者，器之道，器者，不可谓之道之器也。......无其器则无其道。”王船山之《船山遗书》
“气化之于品物，则形而上下之分也。形乃品物之谓，非气化之谓。......形谓已成形质。形而上犹曰形以前，形而下犹曰形以后。阴阳之未成形质，是谓形而上者，非形而下明矣。器言乎一成而不变，道言乎体物而不可以遗。不徒阴阳非形而下，如五行金木水火土，有质可见，固形而下也，器也。其五行之气，人物咸禀受于此，则形而上者也。”戴东原《孟子字义疏证》
如此说法，这些人不明白本体之客观存在性，不明白具体事物是因为具备了具体之理而形成。若没有这个理，具体事物的生长和变化就没有一个既定的要遵从的道理，如此，具体事物怎能成为具体事物呢？如果没有一个人之为人之理，婴儿怎能自然而然地长大成人呢？如果没有一个既定的道理，日月星辰四季变化为什么会循着一个周而复始之理而运动？如果没有船舶之理，怎能造出船只？如果没有治国理政之道理，国家何以安定，百姓何以生活？如果没有兵法之理，根据什么排兵布阵？如果没有一个既定的道理，凭什么去约束帝王，凭什么去约束众人？如果没有一个既定的道理，所谓的仁义道德之根据又在哪里？
可见，这些人的东西，不仅在哲学上是一种倒退，在平常事理之逻辑上，也未免浅薄糊涂，在科学认识方面，则严重不利于科学研究。因为，既然认为具体事物没有既定的理，那就没必要去研究具体事物之理。在技术方面，只要能满足人的大概需要既可，而不必穷究其理，去搞什么创新，因为本来没有什么既定的道理嘛！我认为，中国科技在近代没有得到明显的进步，和习斋戴东原之流的如上愚见，有很大的关系。
理学不兴的另一个原因，则是满清时期的思想禁锢。能导致理性认识倒退的，古今中外，只有一个力量，那就是统治者的禁锢，比如那罗马皇帝为了尊奉基督教而铲除异己，禁止亚里士多德的学说。朱熹的正统论让满清政府对于程朱理学是既喜欢又讨厌。所喜欢的，自然是其中无懈可击的本体论和认识论之道理，所讨厌的则是不利于满清政府统治的正统性之说，故，表面上尊奉程朱，实则有所抑制，此其一。因曾静而起的吕留良文字狱之惨烈让社会上不敢多谈程朱理学，此其二。
吕留良，是一名真正的程朱理学之士，1629-1683，先和黄宗羲等交好，后绝交，不知道是因为学术立场不同还是因为政治原因。吕留良拒绝入仕清政府，以朱熹的正统论明讥暗讽，在书籍通信中，多有此类之语。然而，死后49年，却因湖南曾静而受牵连，导致其后代门生友好全受牵连，16岁以上男子被斩，16岁以下男子及女性全部被流放东北宁古塔为奴。
文字狱带来两个不利后果，一，程朱理学虽然没有被禁止，但在民间会有一种害怕惹祸的想法，而抑制程朱理学的发扬，抑制科学认识的发展。二，文人学子们的理性认识逐渐流入死气沉沉的文献考据，理性认识方法和水平大幅倒退。这两个后果，直接导致中国从18世纪开始全面落后于欧洲。
在1760年代之前，通过在中国的传教士的努力，中国哲学和文化传入欧洲，给欧洲带来积极的影响，曾被当作最有力的证据来说明即使没有他们的上帝的引导，人类理性认识也能实现伟大发展。需要特别指出的是，正是因为有和亚里士多德的哲学原理同等水平的程朱哲学，才让奉亚里士多德哲学为古典奠基者的欧洲人不敢把中国当作不开化的地方，而程朱哲学在自然哲学和伦理政治方面完整的体系则受到欧洲哲学家的赞扬，对于这样的哲学居然从南宋开始就是历朝历代中国政府尊奉的治国思想，则让推崇哲人治国的哲学家满怀羡慕，比如伏尔泰，德国的沃尔夫。
“1721年7月12日，沃尔夫发表著名的演说《论中国实践哲学》,当着一千多名师生的面赞扬中国人的德行和孔子学说与他本人道德哲学间的协调性。他指出，儒家传统中拥有一种建立在人类理性和自然榜样之上的非基督教的哲学体系，中国人发展出不依赖宗教或启示真理的自然道德，这种道德大大激发责任和美德。沃尔夫作为一名理性主义者，坚持人类可以凭理性处理日常难题，具备自然道德或理性的人在哪里都有一种做出正确行为的天生倾向，因此并不绝对需要靠宗教信仰的约束而使生活有道德，儒家体系此时就被他援引为实际例证。”（张国刚、吴莉苇之《启蒙时代欧洲的中国观》P258)
当时，欧洲大陆很多国家都曾兴起中国文化热，中国园林，中国古塔，中国的室内装饰，中国的家具，中国的服饰，在各国王室和民间都曾有过一时流行。
1760年代之后，随着英国在科技、工商制造、共和政治等方面的继续发展，欧洲大陆认识到英国的先进，相比之下，认识到中国的落后，很快，对于中国的态度便从欢迎仰慕转变为轻视指责。这样的转变是正常的，也是应该的，科技、共和、工商业等注定将成为人类文明发展的新的所在。
亚里士多德哲学之后，对人类理性认识的发展来说，最主要的莫过于对于具体事物的科学认识。12世纪之前，对于具体事物的科学认识在阿拉伯地区进展的很好，13世纪传入西欧之后，西欧之理性认识的重大发展，除了在哲学的本体论和认识论，也在于对于具体事物的科学认识。
程朱理学在本体论和认识论以及科学思想方面和亚里士多德哲学完全一致，而且自朱熹去世之后的南宋到满清结束一直是官方尊奉的主导思想，这就是说，理性认识水平在程朱之后的下一个主要进展，也应该在于对具体事物的科学认识，遗憾的是，中国在这个方面做的不好，特别在满清阶段，中国的理性认识大幅倒退。
从人类历史发展的规律来说，人类文明的进步，在不同的阶段由不同的地区产生的创新来推动。古中国、古印度、古巴比伦、古埃及等文明古国的文明成果是在各个国家内部所有地区的人们长期实践创新的结果。古希腊在古地中海区域的文明成果基础上继续创新，产生了新的成果；阿拉伯在东西各地古文明的基础上，继续创新，曾经成为全世界文明水平最高的地区；西欧则在阿拉伯文明成果的基础上，继续创新，开辟出更加辉煌的近现代文明成果；以此，我们完全可以期待，中国也必将在中国优秀传统文明成果和世界其他地区的先进文明成果的基础上，继续创新，为人类文明的进步，再次做出新的伟大的贡献。