Gromacs参数文件md.mdp翻译详解

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蛋白质配体复合物模拟md运行过程中需要用到输入文件md.mdp，现对里面的各种编辑项目做简单注释。

md.mdp

    title       = Protein-ligand complex MD simulation   
    ; Run parameters  
    integrator  = md        ; #指定积分算法；md:蛙跳牛顿积分算法，用于平衡动力学积分  
    nsteps      = 500000    ; #积分或能量最小化步数  
    dt          = 0.002     ; #积分步长  
    ; Output control  
    nstxout             = 0         ; #坐标保存到轨迹文件的频率  
    nstvout             = 0         ; #速度保存到轨迹文件的频率  
    nstenergy           = 5000      ; #能量保存到轨迹文件的频率，必须是nstcalcenergy的倍数  
    nstlog              = 5000      ; # log文件更新频率  
    nstxout-compressed  = 5000      ; #  
    compressed-x-grps   = System  
    energygrps          = Protein JZ4  #保存能量的组   
    ; Bond parameters  
    continuation    = yes           ; #初试构象不约束，不复位，用于精确的继续计算或重计算  
    constraint_algorithm = lincs    ; #约束算法   lincs ：不能用于角度约束  
    constraints     = all-bonds     ; #键约束，all-bonds:所有键约束  
    lincs_iter      = 1             ; #迭代次数，用于LINCS约束精度，默认1  
    lincs_order     = 4             ; #约束偶合矩阵阶次，用于LINCS约束精度，默认4  
    ; Neighborsearching  
    cutoff-scheme   = Verlet  
    ns_type         = grid      ; #邻近列表搜索方法  
    nstlist         = 10        ; #邻近列表更新频率  
    rcoulomb        = 1.4       ; #短程库伦截断  
    rvdw            = 1.4       ; #短程范德华力截断  
    ; Electrostatics  
    coulombtype     = PME       ; #库伦计算方式  
    pme_order       = 4         ; #PME插值，默认4表示3次插值  
    fourierspacing  = 0.16      ; #FFT傅里叶变换格点间距，默认。。。，与PME同时使用  
    ; Temperature coupling  
    tcoupl      = V-rescale                     ; #指定热耦合方法  
    tc-grps     = Protein_JZ4 Water_and_ions    ; #热偶合组  
    tau_t       = 0.1   0.1                     ; #热偶合时间常数  
    ref_t       = 300   300                     ; #参考温度--恒温值，个数对应组  
    ; Pressure coupling   
    pcoupl      = Parrinello-Rahman             ; #指定压力耦合方式 ；Parrinello-Rahman：  
    pcoupltype  = isotropic                     ; #isotropic:盒子各向同性  
    tau_p       = 2.0                           ; #压力耦合时间常数  
    ref_p       = 1.0                           ; #参考压力---恒压值，一般为1 bar  
    compressibility = 4.5e-5                    ; #水可压缩性，1 bar300K时为4.5e-5  bar-1  
    ; Periodic boundary conditions  
    pbc         = xyz       ; #周期性边界条件；xyz:使用周期性边界条件  
    ; Dispersion correction  
    DispCorr    = EnerPres  ; #色散校正  
    ; Velocity generation  
    gen_vel     = no        ; #速度生成；no:不生成速度。输入文件没有速度，则为0；