Seurat (v3.0)object的结构组成

Seurat (v3.0)object的结构组成_第1张图片
Seurat object的slots


Seurat (v3.0)object的结构组成_第2张图片
@assay的slots

assay的slots主要有6个:

counts:主要是 counts或者TPKM的raw data,未经normalized

data:是经过normalized的表达矩阵

scale.data:是已经scaled out的表达矩阵

key:是含有该assay的名称的字符串

var.features:可变的基因的向量

meta.features:基因水平上的meta.data

colMeans:计算基因在所有细胞的平均表达量

colSums:计算基因在所有细胞的平均表达总和


Seurat (v3.0)object的结构组成_第3张图片
@DimReduc的slots

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