017-稀释性曲线Rarefaction

在生态学中，Rarefaction是一种从采样结果中评估物种丰富度的技术。Rarefaction允许基于所谓的稀疏曲线的构造计算给定数量的单个样品的物种丰富度。该曲线是物种数量与样品数量的函数关系图。由于最常见的物种被发现，稀疏曲线通常首先快速增长，然后曲线平稳，因为只有最稀有的物种仍有待采样。

今天，稀疏作为一种技术已经发展成为一种技术，不仅可用于测量物种多样性，还可用于了解更高分类学水平的多样性。最常见的是，对物种的数量进行抽样以预测特定群落中的属的数量; 在桑德斯量化他的个体与物种确定稀疏之前几年，已经使用类似的技术来确定研究中的这种多样性水平。Rarefaction技术用于量化新研究的生态系统（包括人类微生物组）的物种多样性，以及社区生态学的应用研究，例如了解污染对社区和其他管理应用的影响。

参考：维基百科Rarefaction_(ecology)
地址：http://qplot.cn/apps/017-rarefaction/
如图：

增加

在生信分析中，我们用稀释曲线来分析采样（测序深度）是否足够。 X轴表示序列条数，Y轴表示抽取对应序列数对应的（物种/基因/OTU）的数量。

1.输入文件

（物种/基因/OTU）丰度表格，分组文件（可选）

2.参数设置

• 抽样次数，指的是在x轴上，选择抽样点的次数，次数越多，曲线越平滑，计算量也越大

• 分组设置，如果有些事平行样本，可以把这些样本合并，查看整体趋势

3.图形调整

调整各个字体大小，主题，配色。 最后可以下载图形（矢量图或位图）。

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