Mapchart: 绘制loci在染色体上的位置图

Mapchart不仅能绘制高密度连锁群，还能标注QTL、绘制LOD变化曲线、不同图谱共线性比较等

功能齐全，使用简单。这次我主要学习的是用Mapchart在染色体上标记出多个基因位点。和遗传连锁图的画法差不多(header行中chrom, group的区别)。

1. 下载安装

软件下载网址：https://www.wur.nl/en/show/Mapchart.htm

两个文件都要下载。第一个是安装程序，安装好之后能得到MapChart文件夹，可执行文件就在里面。第二个是license file压缩包，解压出来是MapChart.lic，在安装好mapchart之后还需要将MapChart.lic拷贝到MapChart文件夹下面。

之后mapchart就能运行了。

2. 画图

File -> New创建新工作界面

在Data界面下输入带格式的数据，点Chart画图

;开启注释行. 以下用的物理坐标, 单位为Mb
chrom  chr1  S=0  E=594.102056
L1  100  BIU S30 C2 ;B I U分别表示粗体, 斜体, 下划线, 可组合着选; S设置字体大小; C设置颜色，值为2-11
L2  200  C4     
segments ;区段高亮          
220 280 C10
;其余染色体及基因位置的设置同上

3. 调整

锤子

通过2. 可以得到上面的图，其仍需要按照要求更改。

1. 画布调为纵向，并给画布加点背景颜色
2. 添加一个标题
3. 图片中所有的字体改为Times New Roman
4. 染色体名称与染色体柱之间的距离设小一点, 染色体柱的长宽度
5. 不显示距离，改为添加一个标尺
6. 使图片居于画布的中间

5.不显示距离，改为添加一个标尺

1.画布调为纵向，并给画布加点背景颜色
6.使图片居于画布的中间

2.添加一个标题
3.图片中的字体改为Times New Roman

4.染色体名称与染色体柱之间的距离设小一点, 染色体名称字体, 染色体柱的长宽度

4. 保存

菜单栏Chart -> Print

5. 连锁图

Data格式与上面是类似的, 画法和调整方法与上面相同

group 1B        
start   0
a  0  c1
b   590.5   c2
......
end 689.85187   
group 1D        
......

6. 还能画那些图

软件自带例子，File -> open可打开

例一

例二

例三

例四

例五

例六