禽流感与新城疫在临床上不容易区分，常常治好了病也不知道到底发生的是哪一种疫病。而由于禽流感与新城疫的治疗方法完全不一样，一旦误诊会带来严重问题，延误治疗，带来损失。
一、临床症状：临床上，出现轻微或严重呼吸困难也就是鸡呼噜咳嗽，有呼吸道症状，不出现肿头肿脸的鸡只 ，多是H7禽流感。
1.粪便：温和型禽流感：初期：拉稀；中期：拉黄、绿或黄绿融合的稀便；后期：部分或少量拉橘黄色稀便。
新城疫：绝对不出现橘黄色粪便。
2.神经症状：新城疫个别鸡只会有扭头，神经症状较常见 ，禽流感不多见，但是有的在后期出现神经症状。
3.呼吸道症状:新城疫以呼噜为主，禽流感出现轻微或严重呼吸困难 ，一般出现“咳咳”，但是较难以区分。
4.嗉囊积液：新城疫倒提，可从口中流出酸臭嗉囊积液，禽流感没有。
二、剖检：
1.胸腺：肉鸡和蛋鸡开产前看胸腺变化，蛋鸡胸腺在60-80日龄最大，以后逐渐退化萎缩。
温和型禽流感：先出现出血和肿胀的是在下面几对胸腺。病情严重程度和出血变化和位置有关，初期是后几对（下）胸腺先有出血点和肿大，越往下出血、肿胀说明发病时间越早越严重；
新城疫：变化在1-4对胸腺，出现出血、肿大的胸腺越靠前几对（上），说明发病时间越早越严重。
2.盲肠扁桃体：
新城疫：绝对要出现严重的出血、肿胀变化。但出现盲肠扁桃体肿胀出血的不一定是新城疫，不出现盲肠扁桃体肿胀出血的绝对不是新城疫，这一点高度重视；
禽流感：有部分引起盲肠扁桃体的肿胀出血，有很大部分不引起严重出血。要多解剖，看到底有没有盲肠扁桃体不出血，或轻微出出血的或轻微肿大不出血的，如有这些变化就是温和型禽流感。不论蛋鸡还是肉鸡、种鸡都适用。
3.肠道淋巴集结：
1>12指肠降攀（下段），正常的此处淋巴集结呈条状不规则的岛屿状（2-3厘米）是白色隐性不出现明显的岛屿。新城疫和禽流感发病后岛屿明显出现，上面有1个以上明显的出血点。禽流感出血：弥漫性的；新城疫:不呈弥漫性。
2>卵黄蒂后2-6厘米的淋巴弧结，主要是半个黄豆大小：新城疫有变化，禽流感一般没有变化。典型或非典型新城疫只出现隆起有1个或多个出血或整个出血。强毒新城疫出现溃疡，并覆盖粘液性绿色物质。严重的禽流感也处出现白色轮廓。
4.回肠淋巴结核和盲肠细段淋巴结：
1>新城疫两条盲肠之间的回盲淋巴结是枣核状隆起或出血；禽流感不明显。
2>新城疫盲肠细段淋巴结呈1个或半个小米粒状突起并出血；禽流感没有变化。
5.直肠粘膜:新城疫：呈条状出血；肾传支呈点状密密麻麻的出血点。
6.腹膜炎:温和禽流感：呈现纤维性性腹膜炎，呈黄色。蛋鸡前期也是纤维素性腹膜炎，后期才是出现卵黄性腹膜炎；
新城疫：基本不出现腹膜炎，后期有可能出现轻微的卵黄性腹膜炎。要多解剖几只就找到共同规律。
7.腺胃乳头：新城疫：出血在乳头部；禽流感：出血在乳头的基部，也有整个乳头出血的，有的整合腺胃粘膜发红出血。
8.肾脏变化：禽流感：引起肾脏肿胀发红，有轻微的尿酸盐沉积在输尿管；新城疫：没有这个变化。
9.肠道内出血：流感引起的规则圆点状，1个或多个米粒大小的出血极像球虫。但是禽流感的用剪刀刮没有明显渗血感觉；新城疫：没有这种变化。
三、与其他疫病的区别
1.H9温和禽流感和鼻炎的区别：
H9温和禽流感：引起的肿头、肿脸外观硬肿，呈苍白色，一般肉垂不引起肿大或不单独引起肿大（看似肿大多因为肉垂基部硬胀后出现的撅翘）；
鼻炎：引起的肿头、肿脸淡红色浮肿，手压有波动感或柔软感，并同时出现肉垂肿胀。
2.H9禽流感与肿头、肿脸大肠杆菌的区别：二者的肿胀的性状在临床上是一模一样。
肿头肿脸大肠杆菌：1>不引起呼吸道症状；2>肿胀比例小在0.1-0.2%之间；3>不流鼻涕；4>大群中没有症状的鸡仍大吃大喝，产蛋率、蛋壳颜色正常；5>患病鸡拉白色稀便，且只要不注射相应抗大肠杆菌的药物，出现一个死一个；6>用敏感的抗菌药很快控制患病鸡出现。
3.H9禽流感与H7禽流感的区别：共同点：H9有H7的几乎所有解剖症状，临床H7没有肿头、肿脸，而H9多见。
区别：H9有严重的腹膜炎、肝周炎、心包炎——“三炎”且不臭。H7没有或不严重。
4. H9禽流感与普通大肠杆菌的区别：1>共同点都有“三炎”，但是H9不臭，大肠杆菌恶臭；2> H9有1只或多只肿头肿脸还有呼吸道症状，大肠杆菌没有；3>粪便颜色： H9有橘黄色粪便，大肠杆菌粪便是白色稀便；4> H9肾脏发红和有轻微的尿酸盐。