【优秀博客目录分享】微生物生态方向

今天的优秀博客目录来自lyao222lll的个人博客，看博主写的序应该是跟我同一届，但是去年六月份应该已经毕业了。我今天浏览了她的博客，写的内容都非常好、详细、实用，数据、代码、文章的稿件都在博文的开头提供了百度云盘链接，可以看出博主很用心得做写技术文章的整理，代码篇幅稍微长的，应该都要花费不少时间，文章中出现的错误也都会订正。我看的过程中把她的博文目录整理了一下，推荐大家去看下。

用R进行生态统计进行分析及绘图

R包ade4进行微生物群落主成分分析（PCA）及ggplot2作图方法示例
R包vegan进行微生物群落非度量多维尺度分析（NMDS）及ggplot2作图方法示例
R包vegan进行微生物群落主坐标分析（PCoA）及ggplot2作图示例
R包randomForest的随机森林方法鉴定组间代表物种并进行样本分类
R包vegan执行群落结构差异检验之相似性分析（ANOSIM）
R包vegan执行群落结构差异检验之置换多元方差分析（PERMANOVA）
R包vegan执行群落结构差异检验之MRPP分析
分子方差分析（AMOVA）在mothur程序或R的ade4包中实现
R包DESeq2进行微生物群落物种丰度差异分析及ggplot2绘制差异火山图
R语言中相关图的绘制方法简介
R语言运行相关性分析
两组间差异的非参数检验之wilcox秩和检验在R中实现
两组间差异分析之t检验在R中实现
R包vegan运行微生物群落去趋势对应分析（DCA）示例
R包ade4运行多重对应分析（MCA）的方法简介
R包ade4运行模糊主成分分析（FPCA）及模糊对应分析（FCA）的方法简介
R包mixOmics进行微生物群落偏最小二乘判别分析（PLS-DA）
R包ade4进行微生物群落对应分析（CA）及ggplot2作图方法示例

用ggplot进行绘图

使用R的circlize包绘制样本-物种丰度关联circos弦状图
在ggplot2中绘制双坐标轴（Y轴）的方法
在ggolot2中使用椭圆或多边形为PCA、PCoA、NMDS等排序图添加分组
ggplot2绘制物种丰度堆叠面积图示例
R语言绘制物种丰度星图示例
微生物群落分析中的三元相图在R中的几种绘制方法示例
R语言绘制箱线图和小提琴图作图示例
在R中绘制物种丰度饼图（扇形图）的几种方法示例
ggplot2中镜像柱状图的绘制方法示例
R包Tax4Fun基于16S物种丰度预测细菌群落代谢功能及统计作图的一个简单实例
在R中绘制物种堆叠柱状图的方法示例
关于在ggplot2作图中做到坐标原点对齐至(0,0)点（作图区与坐标轴无间隙）
基因组GC含量-测序reads深度分布图（GC-Depth分布图）评估基因组组装质量
绘制韦恩图（Venn plot）和花瓣图（Flower plot）的几个常用R包及在线网站
关于在ggplot2中绘制截断坐标轴的方法

Python3的编程实战

python3生信入门-提取fastq文件中的序列并转为fasta格式
python3生信入门-统计fasta文件中，每条序列的长度或GC含量
python3生信入门-基因组fasta基本信息统计（序列数、总长度、GC含量、N50、L50等）
python3生信入门-根据指定碱基长度，合并或分割fasta文件中的每条序列并按行排列输出
python3生信入门-滑动窗口统计基因组fasta文件中各序列的各碱基（如GC碱基）平均含量
python3生信入门-根据SNP变异检测vcf文件中的碱基突变信息替换参考基因组中相应位置的单碱基
python3生信入门-根据基因位置信息在基因组fasta文件中获取对应的基因序列

写在最后

对于许久没有输出的我，表示深感惭愧，这一年来没有输出的我感觉浑身不得劲。说是在准备文章发表，但是文章一直进展缓慢，我找前辈师兄聊天，他说这是正常的，我也得到了些许安慰。给自己定个目标，今年要重新开始写作输出，不管是技术、生活、情感类的，只有这样才能给自己前进的动力去面对枯燥、无力的科研生活！

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