许多与蛋白质组相关的软件可通过与EXPASY蛋白质组学服务器链接而获得(www.expasy.ch/tool.html),这些软件可用于鉴定蛋白质的种类，分析蛋白质的理化特性，预测可能的翻译后修饰以及蛋白质的三维结构等。
蛋白质组学研究中的常用数据库有SWISS-PROT,BLOCKS,SMART,PROSITE,WORLD-2DPAGE,EMBL,GenBank,DDBJ,ProClass,PRINTS,MASCOT,PROTOMAP,DOMO,PDB等，其中MASCOT是一快速、网络化和多功能程序，具有进行肽指纹分析，用部分破译或未破译的CID谱进行数据库搜索的功能。
应用2-DE，MALDI-TOF-MS,肽指纹图谱，蛋白芯片
肺癌 肖雪媛 ,Chen G
胃癌 Ryu ,Ha,2-DE数据库
食管癌 Huang,Vona-Da-vis L,
结肠癌 Stulik,Chaurand,Ahmed,Simpson膜蛋白数据库
肝癌 Cui JF,Naour,Poon TC
胰腺癌 Shekouh AR,Imamura,Koopmann J
卵巢癌 Petricoin,Wang H 全
乳腺癌 Rui Z,Hamler RL,SauterER,Adam
宫颈癌 Yim EK,
喉癌 肖雪媛
前列腺癌 Adam ,Lehrer S