在论文的撰写过程中，参考文献管理工具系统必不可少，读者在整个科研流程中能否高效的利用电子资源：包括检索并管理得到的文献摘要、全文；撰写学术论文、学位论文、专著或报告时在正文中的指定位置注释的添加，以及文档的安全性，这里的安全性主要指软件的稳定性。
本文试分析多种文献管理软件，主要包括：Endnote、zotero、 Mendeley、Papers、 NoteExpress、CNKI E-Study总结分析其各自的优缺点，分析其核心功能。旨在帮助读者高效并根据自己的需求及喜好选择文献管理工具。
基本功能：
* 检索：主要是以数据库为参考标准；
* 管理：基础功能分门别类管理电子文献题录和全文，个性化管理功能适合个人习惯而选择；
* 分析：对检索结果的统计分析，对领域里的重要专家，研究机构，研究热点等标注。但做到本领域顶级期刊每期耳熟能详这功能不做评价标准；
* 写作：嵌入Word插件。
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endnote老款大哥。优点: ①SCI 官方软件，权威可靠；②嵌入word插件面板；③系统资源占用小，几乎因EndNote 数据库过大发生计算机死机的现象；④直连上千数据库，提供通用的检索方式，国外数据库下载数据时，均支持；⑤强大的功能扩展。美中不足:对于中国标准的GB格式支持不足；中文文献引用形式有误；插入word格式不规范。
适用于研究论文主要引用英文，中文文献数量较少的用户。国产两款软件适合中文用户，都做得很好。
官网：http://endnote.com/
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Zotero是一个免费的Firefox扩展，内嵌在Firefox等浏览器中的插件应用。Zotero 可以协助我们收集、管理及引用研究资源，包括期刊、书籍等各类文献和网页、图片等。
相比Endnote关键是免费。
插件在此不做过多论述，最大优点是能够对在线文献数据库网页中的文献题录直接抓取，不支持基础功能中的嵌入word插件面板。
官网:https://www.zotero.org/
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Mendeley是一款免费的跨平台文献管理软件，同时也是一个在线Mendeley 的学术社交网络平台。名字源于遗传学家孟德尔（Gregor Mendel）和化学家门捷列夫（Dmitri Mendeleyev）。支持基础功能的同时还可一键抓取网页上的文献信息添加到个人的library中，强大的主题词搜索功能，只要给出任何主题词，就能准确地帮你抓到包含该词语的所有文献。并且免费提供各2GB的文献存储和100MB的共享空间。
听说你以前文献管理都是用Endnot的，移民大可放心， Endnot上的文献可以直接无缝移植到Mendeley。
相比Endnote关键是免费。
官网：https://www.mendeley.com/
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papers，即Papers ForMac，Mac科研神器。
支持基础功能的同时，使用Papers可直接从您的个人资料库内部文件中来搜索、检索和存档PDF格式的文件，进行阅读和研究。同时还可以将重要的信息同步到 iPad 和 iPhone上，上传到您最喜欢的文字处理器，与同事朋友们尽情分享！
学生优惠价哦！
官网：http://papersapp.com
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NoteExpress，国产软件，适合中文读者，当然前四款软件也有汉化包，语言都不是问题，搞科研最基础的就是英语。NoteExpress具备基础功能的同时，附带一些特殊功能：数据挖掘的功能可以帮助用户快速了解某研究方向的最新进展，各方观点等。除了管理以上显性的知识外，类似日记，科研心得，论文草稿等瞬间产生的隐性知识也可以通过NoteExpress的笔记功能记录，并且可以与参考文献的题录联系起来。
使该软件可以作为强大的个人知识管理系统。
官网：http://www.inoteexpress.com
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E-Study 是中国知网旗下数字化学习与研究平台，除支持基础功能外支持：云同步、一站式阅读和管理平台、支持将WORD、PPT、TXT转换为PDF。
文献管理工具的世界在计算机技术的发展下日益壮大，新的工具在总是在不停的开发，有人喜欢老牌的Endnote，而后起之秀Mendeley、Papers等却不失风采，国产的NoteExpress、CNKI E-Study也表现出属于自己的特点。而个人认为文献管理的习惯迁移本身又是比较困难，一开始文献管理工具的选择影响后续的工作习惯，所以选择很重要，习惯更重要。