Anaconda安装R语言

1.直接按照R未遂

一直以来想在服务器上安装R,可惜没有root权限,一直没有安装成功,期间我尝试过多种方法进行按照,比如独钓寒江的博客(http://blog.sina.com.cn/s/blog_6ac25ea00102whkc.html)的方法安装R,比之前的安装有所进步,但是最后卡在libcurl报错,一直没有解决,具体报错信息如下:

checking if libcurl supports https... no

configure: error: libcurl >= 7.22.0 library and headers are required with support for https

Anaconda安装R语言_第1张图片

2.初识Anaconda

最开始接触Anaconda,还是在机器学习的时候用过,Anaconda是一个用于科学计算的Python发行版,支持 Linux, Mac, Windows系统,提供了包管理与环境管理的功能,可以很方便地解决多版本python并存、切换以及各种第三方包安装问题。Anaconda利用工具/命令conda来进行package和environment的管理,并且已经包含了Python和相关的配套工具。

在机器学习过程中,使用Anaconda的确很方便,python包的安装、管理、Jupyter Notebook使用也特别方便灵活,可以使用大量粘贴复制命令,画图、运行也可以交互,便于直接查看画图结果,这对学习python图形展示是非常有用的方法。

Anaconda可以安装、管理R还是在无意中看到网上介绍(https://chrisconlan.com/installing-r-python-anaconda-biologists/),这篇文章较为详细的介绍了使用Anaconda安装python和R的方法。Anaconda安装不需要较高的权限,包的安装管理也较方便,正合我意。

3.Anaconda下载和安装

Anaconda可从官网下载所需要的版本;https://www.anaconda.com/download/

Anaconda安装:Anaconda安装较为简单,我下载的文件为:

Anaconda3-2018.12-Linux-x86_64.sh

sh Anaconda3-2018.12-Linux-x86_64.sh

交互界面根据提示选择,首先是否接受协议,选择yes

会显示安装路径选择,默认是在个人home目录下,也可以选择指定安装目录Prefix= /my/home/Anaconda3,需要注意的是,指定安装目录时/my/home/Anaconda3文件夹不能存在,/my/home/目录存在即可。安装最后会提示是否将Anaconda3添加到~/bashrc文件中,可以根据自己需要选择。

安装完成后,进入/my/home/Anaconda3/bin/,输入./conda,如果出现conda使用说明信息,说明安装成功。

4.Anaconda安装R

我这里没有将Anaconda添加到环境变量。

首先设置环境变量:export PATH=/my/home/Anaconda3/bin/:$PATH

安装R,首先需要配置conda:

conda config --add channels conda-forge

conda config --add channels defaults

conda config --add channels r

conda config --add channels bioconda

安装R:

conda install r

等个几分钟左右,R就安装成功,Anaconda安装R默认的是3.2版本的,但是目前我们基本上不怎么用3.2版本的了,可以使用Anaconda对R进行升级。

升级命令:conda update r r=3.5.2

两分钟左右,就升级成功了。其实如果在前面安装R的时候,选择r版本了,后面就不需要再升级了。

5.conda安装R包

如果出现如下报错,找不到x86_64-conda_cos6-linux-gnu-cc:

安装R包出现的报错

这是由于Anaconda把很多linux命令都自己做了,可按照官网安装相应的gcc(https://conda.io/docs/user-guide/tasks/build-packages/compiler-tools.html)。有如下版本:

Anaconda安装R语言_第2张图片
不同版本的gcc

这里我安装了gcc_linux-64,命令:conda install gcc_linux-64,安装成功。但是安装R包还是报错,还是报错找不到x86_64-conda_cos6-linux-gnu-cc,折腾了半天,后边才发现,我在之前安装的时候没有有将Anaconda添加到环境变量中,因此出现不能调用x86_64-conda_cos6-linux-gnu-cc,然后将/my/home/Anaconda3/bin/添加到~/.bashrc即可正常安装R包了

conda安装R包有两种方式,一种是使用conda命令安装:conda install -c r package-name,需要注意的是conda下面的r包的名称与普通R包的名称不一样,具体名称可以在官网上面查询(http://docs.anaconda.com/anaconda/packages/r-language-pkg-docs/);另外一种是直接进入conda下面的R交互界面,安装普通安装R包的方式进行安装,比如bioconductor或者install.packages方式。

Anaconda安装的R自身带的R包比较少, 用命令(.packages(all.available=T))查看自带的基础包,可用的包只有52个,像常用的ggplot都没有,因此需要安装很多基础包,如果一个一个的安装,实在是太麻烦,Anaconda提供了一个快捷安装很多基础包的命令:conda install -c r r-essentials,里面自带了100个常用的科学计数包。查询conda官网的R包的链接如下:http://docs.anaconda.com/anaconda/packages/r-language-pkg-docs/。

6.结束语

困扰几天的问题终于解决,如释重负。本来要上传几张安装过程、成功的图片,可惜正在安装R包,没法截图。

参考网站:

https://www.anaconda.com/download/

https://chrisconlan.com/installing-r-python-anaconda-biologists/

https://stackoverflow.com/questions/46036821/install-conda-for-r

https://www.jianshu.com/p/2f3be7781451

http://docs.anaconda.com/anaconda/packages/r-language-pkg-docs/

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