YX_Andrew
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2019-08-29内容

基因组拼接

  1. 基因组Survey：基因组大小、杂合度、重复序列含量评估

  2. 拼接策略制定：二代、三代、Hi-C等

  3. 拼接原理

  4. 拼接软件：SOAPdenovo2、canu、pilon 等

基因组注释

  1. 重复序列注释：RepeatMasker

  2. 基因结构注释：使用 BRAKER 训练参数模型

  3. 基因结构注释：使用 Maker 自动化注释

  4. 基因功能注释：eggnog-mapper 结合自主开发流程

比较基因组

  1. 基因家族鉴定：orthofinder、韦恩图

  2. 物种树构建

  3. 共线性分析：MCscanX、共线性图

  4. 基因家族分析：同源基因鉴定、进化树构建、进化树美化

  5. 正选择分析

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