使用rmarkdown来制作html报表

首发于本人私人博客：http://www.bio-info-trainee.com/2990.html 分成4个部分讲解：

第一步：安装R语言及Rstudio

首先根据操作系统来安装R语言软件

最好是安装最新版

• Download R for Windows from CRAN
• Download R for macOS from CRAN
• Download R for Linux from CRAN

Note for macOS: If you do not already have X11 installed in Applications > X11, download and install it.

这个很容易，就跟下载QQ微信一样，不停的下一步即可，全部选择默认的安装配置。

然后安装RStudio编辑器

RStudio is a graphical development environment you can use as an alternative to command line R. RStudio requires R to be installed.

• Download RStudio for your operating system

选择免费版本即可，安装成功之后就可以打开RStudio，所有的操作均在里面完成。

第二步：了解markdown语法

一般来说做笔记分享，需要用markdown语法，不熟悉的人可能会害怕，但是一旦你花15分钟了解了它，你会爱上写作，相信我。

学习markdown，可以先看看扫盲贴：http://kaopubear.top/2017-02-04-trymarkdown.html

至于语法本身，自己随便搜索学习吧，比如http://wowubuntu.com/markdown/

学习编辑器，推荐typora：https://vip.biotrainee.com/d/82-typora-markdown/10

第三步：安装必备的R包

如果是普通的R包，用install.packages即可，如下：

install.packages("matrixStats",repos="https://mirror.lzu.edu.cn/CRAN/")
install.packages("ape",repos="https://mirror.lzu.edu.cn/CRAN/")
install.packages("DT",repos="https://mirror.lzu.edu.cn/CRAN/")
install.packages("shiny",repos="https://mirror.lzu.edu.cn/CRAN/")

之所以设置后面的repos，主要是考虑到中国大陆的特色网络墙。

如果是bioconductor的包，使用biocLite即可，如下：

source("https://bioconductor.org/biocLite.R")
options(BioC_mirror="http://mirrors.ustc.edu.cn/bioc/")
biocLite("ALL")
biocLite("airway")

同理，也是设置了镜像。

如果是GitHub上面的R包，也可以使用biocLite，如下：

source("https://bioconductor.org/biocLite.R")
# https://github.com/jmzeng1314/humanid
biocLite("jmzeng1314/humanid")

第四步：新建rmarkdown文件并且输出html报表

进入Rstudio编辑器，新建

新建

理解并且修改文件内容

理解并且修改文件内容

输出html报表

输出html报表

实践一下下面的例子

一个统计学里面的逻辑分析的讲解

http://www.bio-info-trainee.com/tmp/tutorial_for_logical_analysis.html

下面是一个表达矩阵的15个常见的可视化图形的制作：

http://bio-info-trainee.com/tmp/basic_visualization_for_expression_matrix.html

用deconstructSigs来做cosmic的mutation signature图

http://biotrainee.com/jmzeng/markdown/deconstuctSigs.html