2018-07-09（关于clusterProfiler的安装）

昨天几乎一整天都耗在了安装clusterProfiler 的坑里，简单的总结下吧。

clusterProfiler 是Y叔写的一个R包，这个R包在R中用install.packages()下载是下不了的，会提示没有这个包。需要在bioconductor上安装。另外，clusterProfiler 的下载需要你先下载很多的R包才能够下载，不然会一直提示non-zero exit status而导致没办法成功安装。解决的方法大概就分两种：

1.一个个的下载需要的包，看系统提示什么就下载什么，昨天我在centos上下载的时候有一个包udunits2一直安装不成功,所以关联的其他包也没办法下载。最后，用了下面的命令成功了：

install.packages("udunits2",configure.args = '--with-udunits2-include=/usr/include/udunits2')

之后的其他包也顺利安装成功，最后再安装clusterProfiler ,成功安装了

2.对于ubuntu系统的话，应该是可以用一条命令自动下载依赖的包：

在命令行输入：

sudo apt-get build-dep r-base-dev 

然后再继续安装clusterProfiler就行

如果还是报错，再找找其他原因

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人生很多时候都是浪费在一些有意义的事情上，比如爱而不得的执着，比如装软件而不成的疯狂，逃不掉的，一个都不行。