bam文件出错行(takes from 3 to 5 positional arguments but 6 were given）

代码

报错

网上讨论没有根本解决方案。

自己追踪问题

出错文件bam用samtools view 看

放大，有几处列间粘连

换了一个样本的bam文件重新跑htseq-count还是报同样的错

用sed查找了错误行和临近行

各种查看都没有看出文件行哪里有不合理的地方，所以考虑软件本身的问题。

试过了重装conda中的htseq，python都没能解决。最后还是放弃了conda环境直接在外部安装htseq （用的pip安装）进行同样的测试，可以正常读入bam文件不再报错。折腾下来算是解决了，教训是conda安装软件也有坑，遇到问题赶紧在外部环境试试。总的来说导致报错的原因在于htseq不同版本和所处环境。