精选 | 2017年10月份R新包

2017年10月份,共计有182个新包发布在CRAN,以下是摘录的40个较为优秀的R新包,主要包括以下几个类别:工程学、机器学习、数值方法、科学、统计学、时间序列、工具和可视化等。工程学是首次单独列为一个类别,这也反映出R在该领域的实践应用。科学类R包在10月份新包中尤为突出,这主要源于数据科学领域的专家将各种分析技术/方法封装在R包中,以供相关爱好者直接学习/使用。以下相关类别R包的简介,希望有助于大家的学习。

一. 工程学

1. FlowRegEnvCost 0.1.1: 基于加西亚·德·贾伦等人的研究,计算了大坝对河流流量调节控制的环境成本 (2017).

2. rroad v0.0.4: 给定一段道路的纵向轮廓,或一个固定长度的分段序列,可对其国际粗糙度指数(IRI)进行计算和可视化分析.

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二. 机器学习

1. detrendr v0.1.0: 实现了一种基于诺兰等人(2017)的算法,专门用于处理受漂白影响的图像.

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2. MlBayesOpt

v0.3.3: 提供一套支持贝叶斯优化方法的计算框架,辅助支持向量机、随机森林和极端梯度增强模型优化超参数.

3. rerf v1.0: 实现了由Tomita(2016)开发的随机Forester(RerF)算法,类似于Breiman(2001)开发的随机组合(Forest-RC)算法. 这两种算法都使用坐标的线性组合来分割.

三. 数值方法

1. episode v1.0.0: 提供了部分统计工具,支持在常微分方程(ODE)控制的时间过程中推导未知参数.

2. KGode v1.0.1: 实现了Niu等人(2016)提出的核脊回归和梯度匹配算法和扭曲算法(2017).

四. 科学相关

1. adjclust v0.5.2: 实现了层次化聚类的约束版本,其中每个观测与一个位置相关联,只有相邻的集群可以合并.

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2. hsdar v0.6.0: 提供转换反射光谱、计算植被指数和红色边缘参数的函数,以及高光谱遥感和模拟的光谱再采样.

3. mapfuser

v0.1.2: 构建与LPmerge一致的遗传图谱(见Endelman和Plomion(2014)),建立物理距离与遗传距离的关系模型.

4. mortAAR v1.0.0: 支持分析和处理考古死亡数据,可参见 Chamberlain (2006).

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5. skyscapeR v0.2.2: 支持对天文学相关数据进行数据降维、可视化和分析.

五. 统计学

1. BayesRS v0.1.2: 适用于分层线性贝叶斯模型,并计算出与savage - dickey密度比有关的群参数的贝叶斯因子(见Wetzels et al.(2009).

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2. CatPredi v1.1: 允许用户通过最大化模型的判别能力,将连续预测变量分类为逻辑推理或Cox比例风险回归设定,可参见Barrio et al. (2015) and Barrio et al. (2017).

3. CovTools v0.2.1: 提供了几何和推理工具,方便分析协方差结构和多元统计中的协方差分析,可参见Schervish (1987).

4. genlogis v0.5.0: 对Rathie和Swamee (2006)提出的广义逻辑回归分布提供了基本的分布函数.

5. emmeans v0.9.1: 提供了许多函数,计算线性/广义线性/混合模型的估计边际均值(EMMS).

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6. ESTER v0.1.0: 提供一种顺序测试的实现,它使用由一组模型的Akaike权重计算的证据比率,详见Burnham & Anderson (2004).

7. FarmTest v1.0.0: 提供在潜在因素情况下执行稳健的多重测试功能,它利用Huber的损失函数来估计分布参数,并通过近似因子模型计算出在坐标之间的强依赖关系.

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8. miic v0.1: 实现了一种信息理论方法,它从纯粹的观测数据中学习因果或非因果图模型,同时还包括未观察到的潜在变量的影响.

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9. modcmfitr

v0.1.0: 拟合修订版的Connor-Mosimann分布

(

Connor & Mosimann (1969).

10. pense v1.0.8: 为线性回归提供了一个鲁棒的惩罚弹性网和MM估计器.

11. paramtest v0.1.0: 允许运行模拟或其他函数,同时在一个迭代中改变参数.

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12. rENA v0.1.0: 实现了执行认知网络分析(ENA)的功能,用于识别编码数据中的元素之间的连接,并在动态网络模型中表示它们,从而说明连接的结构,并度量网络中元素之间的关联强度.

13. rma.exact v0.1.0: 提供在随机效应模型下计算总体均值的函数.

六. 时间序列

1. carfima v1.0.1: 提供一个便捷工具箱,以适应在连续时间、单变量和不规则时间间隔的时间序列数据上建立集成的ARMA模型(CARFIMA).

2. colorednoise v0.0.1: 提供用于模拟白噪声(无时间自相关)、红色噪声(正时间自相关)和蓝色噪声(负时间自相关)的工具.

3. nnfor v0.9: 提供部分函数,支持利用神经网络方法自动搭建时间序列模型.

七. 工具

1. hdf5r v1.0.0: 提供一个使用R6类的HDF5 API的面向对象包装器.

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2. geoops v0.1.2: 提供针对用GeoJSON地理空间数据进行格式转换的工具.

3. linl v0.0.2: 添加LaTeX字符类到rmarkdown,使用与rmarkdown相适应的

pandoc-letter

模板.

4. rcreds v0.6.6: 提供从加密文件读取和写入凭证的功能.

5. RMariaDB v1.0-2: 实现与MariaDB and MySQL数据库兼容的DBI接口.

6. securitytxt v0.1.0: 提供识别和解析

security.txt

文件的工具,使之能够分析并采用Web安全策略草案标准.

7. usethis v1.1.0: 自动化包和项目设置任务,包括建立单元测试,测试覆盖率,持续集成,Git,GitHub,许可证,RStudio项目等等,否则需要手动执行.

8. xltabr v0.1.1: 它提供了可以使用[openxlsx](https://cran.r -project.org/package= openxlsx)来生成良好格式化的跨列表的函数,它已经被开发用来帮助自动化发布官方统计数据.

八. 可视化

1. iheatmapr v0.4.2: 支持绘制复杂的、交互式的热图.

2. otvPlots v0.2.0: 支持自动可视化变量分布,并为大型数据集计算时间汇总汇总统计数据.

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附注:本文由黄小伟进行翻译,限于个人水平,错误难免,欢迎多交流

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