GO(Gene Ontology)

基因本体论（Gene Ontology)介绍
http://blog.sina.com.cn/s/blog_96e99d280102vzj6.html
The Gene Ontology Handbook: https://link.springer.com/content/pdf/10.1007%2F978-1-4939-3743-1.pdf
coursera 北大课程 <生物信息学：导论与方法> 第十周，第一课（有十分完整的介绍）
https://www.coursera.org/learn/sheng-wu-xin-xi-xue/home/week/10
ontology-documentation：
http://geneontology.org/page/ontology-documentation

what?

Ontology 首先是出现于哲学领域的一个词汇，后来广泛用于计算机领域，发挥了很重要的作用，再后来这个概念被引入生物领域。
gene Ontology 是生物中Ontology中一个重要应用。go项目最初是由研究三种模式生物（果蝇、小鼠和酵母）基因组的研究者共同发起。是生物信息分析中很重要的一个方法
go是在生物领域应用非常广，可以帮助生物学家对基因产物进行准确的定义（功能、位置），节省时间。

why？

因为在最开始的时候，生物学家们更多是专注于自己研究的物种/课题，而且每个生物学家对功能等的定义是存在差异的，导致不同实验室/物种不能实现直接的对接（比如A物种内的x基因的功能使用的是a这个词汇进行注释，而B物种内的x基因的功能却使用的是与a同义的词汇b进行注释，这种情况计算机无法识别），就像讲两种语言的人，无法直接进行语言交流。这种情况导致的问题是，出现了一种阻碍，让问题复杂化了。所以就有了Ontology在生物领域中的应用，实现“书同文”。

how？

go定义了基因/基因产物的功能（通过术语）且定义了它们各自之间功能是怎样联系的（关系）。它组成了一个具有大量term的词汇库，并定义各种term之间的关系（is_a part_of R）。
GO通过三个方面的术语对基因/基因产物的功能进行描述：分子功能(molecular function) -由基因/基因产物行使的分子水平上的功能； 细胞组件(cellular component)-基因/基因产物产生功能时其在细胞结构上的位置；生物学过程(biological process)-在哪个生物学通路/生物过程发挥作用。

go注释方法

目前，GO 注释主要有两种方法：
（1）序列相似性比对（BLAST）：例如blast2go（将blast结果转化为GO注释）
（2）结构域相似性比对（InterProScan）

blast2go的本地化教程：

注意要按顺序导入文件数据到MySQL中
因为需要导入的文件有点大，可以将mysql的存储路径更改到空间大的地方。
https://www.coursera.org/learn/sheng-wu-xin-xi-xue/home/week/10
http://www.biotrainee.com/thread-1773-1-1.html
http://blog.shenwei.me/local-blast2go-installation/

在blast2go软件正确安装的情况下，使用blast2go进行go注释，出现无法得到注释结果的问题：

Blast2GO Pipeline Version 2.5.0
--------------------------------------

Hash for resource ec2go_19072011.txt of type ec created. 4003 associations loaded.
Blast2GO build: 23092011
Change b2g-properties file to: b2gPipe.properties
Blast2go.version=2.5.0
Blast2GO can not reach the Internet
Blast2GO started (without GUI)
create new Project
set new Project
Hit description position set to: 5
Hit description filter set to: 
GoWeight set to: 5.0
blastx_2.2.25.xml
BLAST result added to sequence: Seq1
Open database connection to database b2gdb on localhost as blast2go with password starts with bla*****
Open database connection to database b2gdb on localhost as blast2go with password starts with bla*****
BLAST result added to sequence: Seq2
BLAST result added to sequence: Seq3
BLAST result added to sequence: Seq4
BLAST result added to sequence: Seq5
BLAST result added to sequence: Seq6
BLAST result added to sequence: Seq7
BLAST result added to sequence: Seq8
BLAST result added to sequence: Seq9
BLAST result added to sequence: Seq10
Annotation of 0 seqs with 0 annots finished. Now searching for orfan IPRs...
B2G-Pipe finished

经过排查，问题是出在blast2go无法识别新版nr数据库中注释信息（可以识别2017年nr数据库的注释，却无法识别18年的，可能在17-18这期间nr的注释结构发生了改变），只需要将nr库改为17年的就性行了，但这只是治标不治本。

另外还有可能出错的原因是，blast2go无法识别blast高的版本号，当使用高版本的blast的时候，直接将版本号给修改为低版本的就行了，例如（BLASTX 2.2.25+）

BLASTX 2.2.25+

如何看懂go graph:

GO 的图形是一个有向无环图

ontology-structure
http://geneontology.org/page/ontology-structure
ontology-relations
http://geneontology.org/page/ontology-relations#basics