生信完全入门线路图及资源大全
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成为一个合格的生信工程师必经之路
6大基础知识的掌握
首先你需要了解一些测序基础知识，生物学基础知识，这个主要靠自己看，还有平时多积累。
在生信技能树论坛上面我列了一下，需要自行花时间自学，遇到不懂的名词多搜索，多熟记。对应我们生信技能树的论坛版块是： 生信技能树»生信技能树›生信基础›测序原理-数据格式-数据库
然后你需要掌握一门编程语言，可以从
如果是linux，不妨看看实验楼的练习：
- 全部课程 — >Linux， 新手入门， 计算机专业课 — > Linux 基础入门（新版）
也可以跟着视频来练习，如果你实在是需要，这里推荐业界马哥的视频教程，链接:
这些基础掌握的七七八八了，就可以开始NGS组学之旅了。
NGS组学技术的掌握
首先看 5 篇综述并翻译，涵盖主流的5个NGS组学技术：WES/RNA-seq/CHIP-seq/miRNA-seq/lncRNA-seq
- Practical Guidelines for the Comprehensive Analysis of ChIP-seq Data :
- A survey of tools for variant analysis of next-generation genome sequencing data :
- A survey of best practices for RNA-seq data analysis :
- Online resources for miRNA analysis :
- Long non-coding RNA discovery pipeline :
对应这些组学的PPT也需要自行搜索后浏览，掌握概念，原理。
然后看5篇测序数据分析例子：
- miRNA-seq ： RNA expression profiling of human iPSC-derived cardiomyocytes in a cardiac hypertrophy model. :
- CHIP-seq ： CARM1 Methylates Chromatin Remodeling Factor BAF155 to Enhance Tumor Progression and Metastasis
- WES : Clinical Whole-Exome Sequencing for the Diagnosis of Mendelian Disorders
- LncRNA： Integration of Genome-wide Approaches Identifies lncRNAs of Adult Neural Stem Cells and Their Progeny In Vivo
- RNA-seq: RNA-Seq Transcriptome Profiling Identifies CRISPLD2 as a Glucocorticoid Responsive Gene that Modulates Cytokine Function in Airway Smooth Muscle Cells
然后看5篇芯片数据分析例子：lncRNA :
转录组流程
https://f1000research.com/articles/4-1070/v1
https://f1000research.com/articles/5-1438/v1
https://www.bioconductor.org/help/workflows/rnaseqGene/
当然，实践这些项目你肯定是需要流程，代码，在我的github里面已经有了，但是你需要掌握了linux，软件安装等等，才能看懂。我的github地址是: https://github.com/jmzeng1314/NGS-pipeline
等你实践经验足够了，你会发现它们本质上都只是数据处理而已，你可以看我以前录制好的总结视频：有参组学(全基因组，全外显子组学，转录组学，表观)的几个NGS测序数据分析的表现形式的异同点，视频见腾讯课堂：https://biotree.ke.qq.com/ 敬请关注。
当然，我的视频还有很多，如果你感兴趣，可以自行按需下载：我做博客3年来录制的所有免费视频, 因为百度云总是禁止我分享，所以我会慢慢转移到腾讯课堂：https://biotree.ke.qq.com/ 敬请关注。
我还在论坛上面收集整理了很多NGS组学实践项目，欢迎大家前去练习，http://www.biotrainee.com/forum-108-1.html， 这个取决于你的悟性了。
但是如果要真正步入生信的殿堂，编程其实是少不了的，请继续学下去。
关于R语言
知道什么是R语言，了解基本语法，Rstudio编辑器，读写文件，跟Excel的区别，绘图等可视化，生物信息学相关的bioconductor系列包。
首先下载R语言打印版的 cheatsheet， 链接:
上面的链接可能会被百度云封锁，看看这个：链接:https://pan.baidu.com/s/1bptknXt 密码:7tmg 生信入门(包括史上最全R语言资料合集，北大的生物信息学公开课等) 浏览器打开，选择感兴趣有需要的资料下载即可
如果所有的链接都失效了，你试试看百度云搜索功能，也许可以找到我们新的分享。
尤为注意的是，初学者千万不要钻牛角尖，而是要广泛涉猎，牢记基础，应用加实践，其背后的计算机逻辑算法等可以后期再补，而且要时刻记住，学习R语言是为了分析生物信息学数据。
- 约翰•霍普金斯大学的Bioconductor学习课程
- 斯坦福大学的暑期小课程-用bioconductor做统计分析
- a Little Book of R for Bioinformatics!
- 生物学家应该这样学R绘图-视频，数据，代码全公开
一般不建议初学者直接下载 史上最全R语言资料汇总，链接:https://pan.baidu.com/s/1bptknXt 密码:7tmg 里面的资料实在是太多了，初学者很容易迷失在里面。但我还是给大家，毕竟入门之后的提高，还是用得着的。
关于PYTHON
同样的，接下来你应该要开始实践：
生信技能树»生信技能树›互动作业›脚本能力实践›生信编程实战5个月传送门~~~
需要自己跟着一套视频来一步步练习，这里推荐 炼数成金的python课程 链接:
小成境界
我大概总结了一下：
- 生信菜鸟团 http://www.bio-info-trainee.com/
- 我们的论坛：生信技能树 http://www.biotrainee.com/thread-1376-1-1.html
- 我们的VIP社区：https://vip.biotrainee.com/d/311-
- 我们的微信公众号: https://mp.weixin.qq.com/s/egAnRfr3etccU_RsN-zIlg
- 我们的知识星球: https://t.zsxq.com/VjmQZNn
- 我们的腾讯课堂： https://biotree.ke.qq.com/