生信修炼手册
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LeafcircBase:植物环状RNA数据库

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LeafcircBase收录了以下5种植物模式生物的环状RNA信息

  1. Arabidopsis thaliana

  2. Glycine max

  3. Oryza sativa

  4. Triticum aestivum

  5. Zea mays


采用以下两款软件来预测环状RNA

  1. find_circ

  2. circRNA_finder


通过官网的Browse菜单，可以浏览不同物种对应的环状RNA数据

LeafcircBase:植物环状RNA数据库_第1张图片

以拟南芥为例，结果示意如下

LeafcircBase:植物环状RNA数据库_第2张图片

点击来源基因的名称，可以跳转到对应的数据库。点击右上角的Download按钮，可以下载所有结果，点击Datails可以查看环状RNA的详细信息，示意如下

可以看到对应的软件。如果在其他物种中存在同源，还会列出同源环状RNA的信息，示意如下

LeafcircBase:植物环状RNA数据库_第3张图片

通过该数据库，不仅可以查看植物中环状RNA的信息，还可以查看在不同物种间的同源性。

该数据库中的结果是可以下载的，在下载的excel文件中，还可以看到每个环状RNA对应的样本在SRA数据库中的编号。

·end·

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LeafcircBase:植物环状RNA数据库_第4张图片

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