Analysis log(1908)

190801

190731

• 补了五组190731数据，原本以为S012的分散会变小，反而更大了。
• S016也很奇怪。
• 7月末的数据都向PC1负值偏离，培养基保存有问题？
• 重做培养基，周末重出数据。
• 在暑期黄金周前把问题搞清楚。
• 直觉告诉我仅仅只是原数据scaling精度不够，还得靠GLM正规化。

190804

190804

• 190804a和190804b 并没有变化，还是PC1负方向分布，然而190804c却往YPD方向靠了。
• 知道原因了。下周实验计划就是2percent+200ulYPDx4
  S01 vs H02

190805

到底是什么原因让S012的分散这么大

• 各样本的PC1 Score

S01	H02

• 植菌时带入YPD量和PC1 score的关联。

S01	H02

• S012，相关系数 0.859，有意

> cor.test(S012$YPD,S012$PC1,method="p")

    Pearson's product-moment correlation

data:  S012$YPD and S012$PC1
t = 5.5754, df = 11, p-value = 0.0001663
alternative hypothesis: true correlation is not equal to 0
95 percent confidence interval:
 0.5858835 0.9571664
sample estimates:
      cor 
0.8594326 

• H022, 相关系数 0.578，p值过大

> cor.test(H022$YPD,H022$PC1,method="p")

    Pearson's product-moment correlation

data:  H022$YPD and H022$PC1
t = 1.2266, df = 3, p-value = 0.3075
alternative hypothesis: true correlation is not equal to 0
95 percent confidence interval:
 -0.6209400  0.9670905
sample estimates:
      cor 
0.5779442 

gg 看来果然是本培养带入的前培养液YPD在做鬼。
1.之后的实验里需要加一步除去前培养夜的步骤。
2.添加YPD和S01相关，和H02无关。为了实现差别最大化，之后在本培养基里添加250ul YPD。

0808 1:04

• S01n : S01 2percent+250ul YPD(紫色) n=3

• H02n: H02 2percent+250ul YPD(墨绿色) n=3

  
  
  

OK. Good !