查找一个基因的启动子序列

如何查找某个gene的promoter sequence?

  • 首先,知道启动子在哪里?
    启动子通常位于转录起始位点(transcription start site,TSS)或第一个exon的上游
  • 其次,找gene的TSS
    对于注释好的物种的基因组,就很好找其promoter sequence了。可以去NCBI, Ensembl或UCSC。
  • 其他
    人类的启动子相关数据库
    Biobase TransPro
    mPROMDB
    CSH TRED
    Eukaryotic Promoter Databse(EPD)

查找一个基因的启动子序列_第1张图片
promoter sequence of a Gene from Ensembl

--以Ensembl为例--

  • 1 打开上述Ensembl网址,选择物种,以示例中的BRCA2为例


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    点击上图红框
  • 2 点击sequence


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    点击sequence
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  • 3 粉色背景红色文本为exons,第一个exon前面的sequence即为promoter sequence,默认显示600bp。如果想显示自己想要数目的bp,按下面


    查找一个基因的启动子序列_第6张图片

窗口就会更新了。

  • 4为了确定是否正确(主要是TSS位点),可以把promoter sequence blast到UCSC genome broswer
    复制ensembl的 promoter sequence
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查找一个基因的启动子序列_第9张图片

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