查找一个基因的启动子序列

如何查找某个gene的promoter sequence？

• 首先，知道启动子在哪里？
  启动子通常位于转录起始位点（transcription start site，TSS）或第一个exon的上游
• 其次，找gene的TSS
  对于注释好的物种的基因组，就很好找其promoter sequence了。可以去NCBI, Ensembl或UCSC。
• 其他
  人类的启动子相关数据库
  Biobase TransPro
  mPROMDB
  CSH TRED
  Eukaryotic Promoter Databse（EPD）

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promoter sequence of a Gene from Ensembl

--以Ensembl为例--

• 1 打开上述Ensembl网址，选择物种，以示例中的BRCA2为例

  
  
  
  
  
  

  点击上图红框

• 2 点击sequence

  
  
  

  点击sequence

• 3 粉色背景红色文本为exons，第一个exon前面的sequence即为promoter sequence，默认显示600bp。如果想显示自己想要数目的bp，按下面

  
  
  

窗口就会更新了。

• 4为了确定是否正确（主要是TSS位点），可以把promoter sequence blast到UCSC genome broswer
  复制ensembl的 promoter sequence
  
  

---- END