Y大宽
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查找一个基因的启动子序列

如何查找某个gene的promoter sequence？

  • 首先，知道启动子在哪里？
    启动子通常位于转录起始位点（transcription start site，TSS）或第一个exon的上游
  • 其次，找gene的TSS
    对于注释好的物种的基因组，就很好找其promoter sequence了。可以去NCBI, Ensembl或UCSC。
  • 其他
    人类的启动子相关数据库
    Biobase TransPro
    mPROMDB
    CSH TRED
    Eukaryotic Promoter Databse（EPD）
查找一个基因的启动子序列_第1张图片
promoter sequence of a Gene from Ensembl

--以Ensembl为例--

  • 1 打开上述Ensembl网址，选择物种，以示例中的BRCA2为例


    查找一个基因的启动子序列_第2张图片

    查找一个基因的启动子序列_第3张图片
    点击上图红框

  • 2 点击sequence


    查找一个基因的启动子序列_第4张图片
    点击sequence
查找一个基因的启动子序列_第5张图片

  • 3 粉色背景红色文本为exons，第一个exon前面的sequence即为promoter sequence，默认显示600bp。如果想显示自己想要数目的bp，按下面


    查找一个基因的启动子序列_第6张图片

窗口就会更新了。

  • 4为了确定是否正确（主要是TSS位点），可以把promoter sequence blast到UCSC genome broswer
    复制ensembl的 promoter sequence
    查找一个基因的启动子序列_第7张图片
查找一个基因的启动子序列_第8张图片
查找一个基因的启动子序列_第9张图片

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