【科研猫】3分钟了解GO/KEGG功能富集分析（三）

在3分钟搞定GO/KEGG功能富集分析（二）文章的结尾，我们得到了一个基因列表的功能富集结果（如下图所示）。但如果想把结果最展示在文章中（箭头所指），还需要一些绘图的操作。今天，我们就重点来讲解如何将DAVID中的功能富集的结果转换成正式的Figure。

阅读文献时，大家遇到最多的就是柱状图（一般是水平柱状图），柱子的高低与p-value相关，柱子越高则越显著。我也问过很多人，喜欢哪种图片来展示功能富集的结果，曾经有人跟我说，特别喜欢那种大大小小的彩点图……

我想了一下，觉得这位耿直的同学说的应该是高级气泡图，想必有不少人见过气泡图，却不知道应该怎么做，连现成的工具也找不到。那么，今天的绘图操作，我们就分为两部分：柱状图 and 气泡图，来给大家详细讲讲如何通过这两种图来展现GO/KEGG功能富集的结果。

                                   柱状图

本文所用的数据即上次演示DAVID操作时所用的数据（大家可以通过识别文末的二维码，向“折耳猫小姐姐”索取）。话说柱状图的制作相当简单，方法也众多，比如Excel，Graphpad prism，SPSS，SAS，Matlab，R等众多软件，这里我们就说最简单实用的—Excel。下面是实战演示，依旧是分步讲解：

Step1：保存数据。

将DAVID的结果保存到我们的本地电脑当中，保存文件我推荐用文本文件，即txt文件。原因是用各种编程语言和软件处理起来比较方便。怎么保存呢？非常简单。在你的电脑文件夹中新建一个空白的文本文件，在结果页面中点击“Download File”，进入到结果详情页面，然后一次运行几个快捷键即可，Ctrl+A（全选）- Ctrl+C（复制）-打开空白的文本文件- Ctrl+V（粘贴）- Ctrl+S （保存）- 关闭文本文件即可。

Step2：导入数据。

打开Excel，导入数据，将文本文件导入Excel当中。这个步骤相信大家都能操作吧，如果是Windows系统，直接把文件拖过去就好了。为了避免有些时候打开不成功，我们通过“数据”-“自文本”的方法导入数据。

DAVID功能富集作图教程1/5。公众号：科研猫_腾讯视频

Step3：数据转换。

在作图之前的我们需要对数据进行一定的处理。假定我们就按照最常见的水平柱状图来做，那么图片的x轴就是-log10(P value)，我们需要使用函数把P value转换一下，需要用到一个Excel当中的函数叫做-LOG10()，同时图片的y轴是GO term或者KEGG pathway，这些语义词汇的前缀都带有GO:xxxxxxx~或者hsa:xxxxxx~，为了让我们的figure更简洁明了，我们需要把这些没用的前缀删除，怎么删掉呢？我们需要用到MID()函数。具体操作如下。

DAVID功能富集作图教程2/5。公众号：科研猫_腾讯视频

Step4：绘制图形。

得到转换好的数据之后，我们就开始作图啦！一般情况下，GO/KEGG富集出来的结果常规显示top10或top15的数据，因此我们这里选择前10行展现出来。怎么做呢？这个相信大家都会的，直接Excel中“插入”-“图表”即可。

DAVID功能富集作图教程3/5。公众号：科研猫_腾讯视频

                                      

                                    气泡图

气泡图的制作相当复杂，如果手上有现成的文献使用了气泡图来表征功能富集分析的结果，也可以拿出来看一下。首先我们看x轴是Gene Ratio，对应的就是DAVID结果表格中的“%”一列；y轴是富集出来的通路或者GO Term；点的大小表示Gene数；点的颜色最为重要，代表P值的高低。

所以，图确实很好看，但是做起来实属不易，目前还没有遇到有现成的绘图软件可以帮我们做这样的图片。那怎么办呢？嘿嘿，让小猎豹来教教大家吧。前面的推文中，我们也讲解过R语言，R语言可以说是目前最为流行、最为强大的统计绘图工具，相信我们大家都听说过。即使你对R语言了解不深，不要紧，我们帮大家把代码都写好了，直接运行即可。如果你还没有安装R语言，请参考我们前面的推文（关注微信公众号：科研猫）。在运行这个R代码之前呢，需要安装两个R包ggplot2和Hmisc，然后直接运行bubblePlot.R即可。具体运行过程可见下面短视频，可谓一气呵成，无需数据转换等繁琐步骤，而且最终生成的图极其细致，把首字母大写，字段截取，数字下标等细节都做好了。

DAVID功能富集作图教程4/5。公众号：科研猫_腾讯视频

相信有不少同学对R语言还是不太熟悉，在运行代码的过程当中可能还会遇到不同的问题，可以在文末的留言板中留言哦，小猎豹会及时帮大家解决的。再次强调，操作所需的代码（话说这个代码曾经买到几百块哦）和测试数据可免费获取，识别文末二维码，联系折耳猫小姐姐即可。

到现在为止，关于GO/KEGG功能富集分析就讲完了。我啰哩啰嗦地分了三篇文章来给大家讲解，主要目的是为了让大家彻底搞懂功能富集分析的含义，并掌握具体的操作步骤。当大家真正熟悉了以后，实际操作大概在几分钟时间就可以完成。为了让大家把前面的操作都串联起来，方便学习记忆，在这里我把功能富集分析的一整套操作录制成视频，希望大家能够真正掌握这一实用分析。

DAVID功能富集作图教程5/5。公众号：科研猫_腾讯视频

版面有限，后续教程，且听小猎豹下期娓娓道来吧~。

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