学习小组Day3笔记--damon

通过微信公众号生信星球学习了如何安装conda（以下代码和图片均引用自生信星球公众号）

conda

conda--linux的应用商店

精华版本，miniconda

安装miniconda

• 1.安装压缩软件：bzip2

  yum install -y bzip2

• 2.下载miniconda

• 2.1 进入下载目录：cd biosoft

• 2.2 wget命令：wget 复制链接（鼠标左右键复制、粘贴-_-）
  【window 64位】https://repo.continuum.io/miniconda/Miniconda3-latest-Linux-x86_64.sh

• 3.安装：bash Miniconda3-latest-Linux-x86_64.sh
  （一直按enter，直到出现yes or no，输yes，再YES）

• 4.激活conda：
  source ~/.bashrc(出现很多字就是成功了)

• 5.添加国内镜像：(一行一行运行)

conda config --add channels https://mirrors.ustc.edu.cn/anaconda/pkgs/free
conda config --add channels https://mirrors.ustc.edu.cn/anaconda/pkgs/main/
conda config --add channels https://mirrors.ustc.edu.cn/anaconda/cloud/conda-forge/
conda config --add channels https://mirrors.ustc.edu.cn/anaconda/cloud/bioconda/
conda config --set show_channel_urls yes

使用conda

• 1.conda list：查看所有列表
• 2. 搜索软件：conda search
     如，搜索fastqc：
     conda search fastqc
• 3. 安装fastqc：
     conda install fastqc -y
• 4.卸载fastqc：
  conda remove fastqc -y
• 5.conda环境：（不同项目需要不同的软件版本，及环境）
  a.查看当前所有环境：
  conda info --envs,*代表默认
  b.安装环境：
  以生信星球案列如下，建立一个名叫rnaseq的conda环境，并指定python版本是3，安装软件fastqc、trimmomatic
  conda create -n rna-seq python=3 fastqc trimmomatic -y

rna-seq 环境名字名字，python=3 版本 后面两个是软件

c.激活环境：
source activate rna-seq
d.退出环境：
source deactivate
e.卸载环境中的软件：
conda remove -n rna-seq fastqc -y
f.卸载整个环境：
conda remove -n rna-seq --all