Bioinfo: LEfSe 安装问题及解决办法 (Linux)

下载软件

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install from source
具体看第四步，将文件下载到Linux上并解压缩

前置要求

• R
• R libraries: splines, stats4, survival, mvtnorm, modeltools, coin, MASS
• python libraries: rpy2 (v. 2.1 or higher), numpy, matplotlib (v. 1.0 or higher), argparse

在运行LEfSe之前请确保安装了以上这些软件/包/模块

安装rpy2

rpy2官网
软件环境：Linux, Python 2.7, R 3.3.3
pip install rpy2
报错：

rpy2 is no longer supporting Python < 3. Consider using an older rpy2 release when using an older Python release.

虽然官方documentation中提到rpy2支持python2.7，然而在实际操作中，却出现了上述版本不支持的问题。于是，我下载了最新版本的python 3.6.3 并再次下载rpy2：
pip3 install rpy2
这时，又出现了报错：

R was not built as a library

rpy2安装使用中的问题
Linux安装R记要
百度+Bing+Google之后，参考上面两篇博文，终于发现问题所在：原来在R编译的过程中，必须选择--enable-R-shlib 选项，将R编译成lib模式！
因此，我重新下载最新版本的R 3.4.2并编译安装：
./configure --prefix= --enable-BLAS-shlib --with-blas --with-lapack
make && make install
最重要的是如果R安装到个人路径下，记得添加环境变量：

export R_HOME=path-to-R
export R_LIBS=$R_HOME/lib64/R/library
export LD_LIBRARY_PATH=$R_HOME/lib:$LD_LIBRARY_PATH
export PATH=$R_HOME/bin:$PATH

这时，再安装rpy2就可以成功安装了：
pip3 install rpy2

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测试运行LEfSe example

在下载并解压好软件后，进入软件文件夹下的example文件夹，run这个例子：
cd nsegata-lefse-54694b4b0d9e/example
sh run.sh
这时，报错如下：

ImportError: No module named rpy2.robjects

错误是Python没有安装rpy2这个模块
然而，我们这时已经安装了rpy2，让我们来仔细看看run.sh这个文件：

../run_lefse.py hmp_aerobiosis_small.in hmp_aerobiosis_small.res

系统默认用python 2.7来运行，而我们的rpy2下载在python 3.6的模块里，因此系统用python 2.7执行命令时自然就找不到rpy2这个模块了。所以我将run.sh文件中所有执行python的命令改成用python3.6执行：
python3 ../run_lefse.py hmp_aerobiosis_small.in hmp_aerobiosis_small.res
然而，又出现了报错，因为软件的code是python2写的，用python3执行python2的code时就会报错。因此，我用了2to3和reindent两个python工具来将python2的code转换成python3的code。但是值得注意的是，2to3这个自动转换工具只能转换一些语法，有另一部分是需要手动修改的。在修改之后，成功运行命令，这个软件终于可以使用了！

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生信软件安装就是一个又一个的报错。
April.W @Fulgent