Perl语言的一大好处就是，在日常处理各种小任务时，可以利用Perl单行的各种内置变量和参数快捷实现。本文记录平时做分析时常用的perl内置变量、基本参数和一些常用命令。
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Perl单行基本参数
-
-e所有perl one-liner都需要添加的参数 -
-n将会循环读入每行文件，输出需要加‘print’ -
-p将会直接print每行 -
-i直接在源文件里进行修改了。 -i.bak 源文件备份 -
-l将会使输入字符串去掉回车符号，而输出再加上回车符号。 -
-a以空格为分割输入，并将分割的结果自动保存到@F数组中。 -
-F指定分割符号，需要与-a一起用直接加分割符号： 如perl -F:，可以使用正则表达式；可利用scalar @F查报错。
常用perl -F, -alne：自动以,为分割符号，保存到数组@F中，循环读取每行并去除末位\n符号。
Perl常用内置变量(predefined variables)
-
$_默认为每行的内容 -
$.为每行的行号数字，类似于awk中的NR -
$/输入的每行的分隔符，默认是\n,windows下有些文件是\n\r结尾。 -
$\输出的每行的分隔符。可指定 -
$1, $2, $3正则表达式中匹配到括号里的内容，从里往外数 -
$,标量之间的分割符号，例如perl -le '$,=":"; print 1, 2, 3' -
$"数组中的每个标量的分隔符，默认直接print数组是以\s空格分开。perl -le '$"=":";@data=(1,2,3);print "@data"' -
$反引号 $&, $': 正则表达式中，匹配内容前、匹配内容、匹配内容后会默认赋值给这三个变量。实用 -
@F-a、-F参数将每行分割的内容自动加到数组@F中 -
@ARGV最常用的接受文件命令 -
%ENV系统环境中的一些变量加载到%ENV哈希中
间距、空行(spacing)
对每行文件加空行：
perl -pe '$\ = "\n"'
perl -pe '$_ .="\n" unless /^$/ '
去除空行:
perl -ne 'print unless /^$/'
perl -lne 'print if length'
对行处理：编号、计数(Numbering)、选择目标行输出
仅对非空行计数，并显示行号：
perl -pe ' $_ .= "$.\t" ' file.txt
perl -ne 'print ++$x . "\t$_" if /\S/' file.txt
输出 匹配到pattern的行，并显示行号：
perl -ne 'print unless /pattern/' file.txt ##除了目标匹配行
perl -ne 'print "$.\t$_" if /regex/ ' file.txt
perl -ne 'print ++$x."\t$_" if /reads/ ' test.log
输出匹配到pattern行的下面的一行：
perl -ne ' if($p=0){print; $p=0} $p++ if /pattern/ ' file.txt
perl -ne '$p && print && ($p=0); $p++ if /pattern/' file.txt
perl -ne '$p && print; $p = /science/'
输出匹配到/AAA/和/BBB/的行:
perl -ne '/AAA/ && /BBB/ && print'
输出第13行、或除了第13行；输出第13、19、50行；输出13~40行
perl -ne 'print if $. == 13' file.txt
perl -ne 'print if $. != 13' file.txt
perl -ne '$. == 13 && print && exit'
perl -ne 'print if $.==13 || $.==19 || $.==40' file.txt
perl -ne 'print if $.>=13 && $.<=40' file.txt
perl -ne 'print if 13..40' file.txt
输出START和END之间的行if/unless：
perl -i.old -ne 'print if /^START$/ .. /^END$/' foo.txt
仅输出奇数行、偶数行：
perl -ne 'print if $. % 2' text
perl -ne 'print if $. %2==0' text
仅输出文件中重复的行：
### 出现两次就输出
perl -ne 'print if ++$a{$_} ==2'
去重复行，仅输出第一次出现的行：
perl -ne ' print unless $a{$_}++ ' file.txt
计算相关
输出第一列数字相加之和：
perl -alne '$sum+=$F[0];END{print $sum}' file.txt
输出时间：
perl -le 'print scalar(localtime)'
perl -le 'print join ":", (localtime)[2,1,0] '
输出从5~15当中的10个随机数字
perl -le 'print join ",", map { int(rand(15-5))+5 } 1..10'
标量文字处理相关
输出a到zz所有字母(..的使用)
perl -le ' $,=","; print a..zz ' # print("a".."zz")
输出指定长度的字符(x为重复)
perl -le 'print "a"x50'
输出从1~100的质数(grep用法)
perl -le '@even = grep {$_ % 2 == 0} 1..100; print "@even"'
``
利用tr(y)修改字符
```perl
perl -le '$string = "bananas"; $string =~ y/A-Za-z/N-ZA-Mn-za-m/; print $string'
perl -lpe 'y/A-Za-z/N-ZA-Mn-za-m/' bananas.txt
自动转换大小写字符 \u \L
perl -lne 'print "\u$_"'
perl -plne '$_=\L$_\E'
perl -ple ' s/(\w+)/\u$1/g '
去除每行开头、结尾的空格内容s///g
perl -ple ' s/^\s+|\s+$//g '
反向输出 数组的内容
perl -F: -alne '$" = ","; print "@{[reverse @F]}"' file.txt # a:b:c:d:e
生信常用perl脚本记录
批量根据id提取序列
perl -lne 'if($switch){if(/^>/){$flag=0;m/^>?(\S+).*?$/;$flag=1 if $need{$1};}print if $flag}else{m/^>?(\S+).*?$/;$need{$1}++}$switch=1 if eof(ARGV)' id.txt seq.fasta >seq_id.fas
FastQ文件转为FastaA文件
perl -e '{ while($id=<>) { chomp $id; chomp ($seq=<>); <>; <>; $id=~s/^@/>/;print " $id\n$seq\n"; } }' file.fq >file.fa
参考资料：Perl One-liners (https://catonmat.net/books)