circos 可视化手册-highlights 篇

通过ideogram和ticks这两个block, 我们能够把全部的染色体信息绘制在circos 图片中，但是染色体只是提供了一个基础的坐标系统，重点是染色体上相关区域的数据如何展示。

highlights这个block 提供了一种功能，高亮某个区域。高亮的意思就是用不同的颜色进行填充, 比如将CpG岛区域进行高亮，可以直观的查看CpG Island在染色体上的分布。

和ticks类似，一个highlights由多个highlight 构成，示例如下

file是最基本的参数，定义了需要高亮显示的区域，至少需要以下3列信息

第一列为染色体的ID,第二列和第三列分别定义了染色体上的起始和终止位置。每一行是一个需要高亮的位置。file定义了需要高亮的区域在染色体上的实际位置，接下来就是设置highlight在图中的显示方式。

相关参数可以分成两大类别：

定义位置的参数

有两种定位的方式：

1.  通过ideogram参数

直接设置ideogram = yes, 此时highlight就在染色体对应的区域, 如下图所示

2. 通过r0和r1参数

高亮的区域在circos图上展示时，是一个圆环的形状，通过r0和r1指定圆环的内径和外径。通过file和r0和r1这3个参数，就定位了一个hightlight在图上的位置。当存在多个highlight区域时，如果相互之间有重叠，肯定需要一个先后顺序，这个先后顺序就是z-depth, 通过参数z控制，默认情况下这个参数的值是0。

上面的例子中出现了z=5, z值越大，表明这个hightlights的优先级越高，在与其他highlights重叠时，优先级越高的越先显示。

通过r0和r1设置的highlights如下所示：

定义显示方式的参数

1. fill_color
   填充色，用法 fill_color = green

2. stroke_color
   边框的颜色，用法stroke_color = dgreen

3. stroke_thickness
   边框的粗细，用法stroke_thickness = 2

以上就是highlight的基本用法，在实际使用中, 还有一个技巧需要掌握，就是在file文件中定义参数。

创造多彩的hightlight

在file 文件中，为不同的区域设置不同的颜色， 示例

这样画出来的highlight就是多彩的，比如下图中的两圈多彩的highlight

创造不规则形状的highlight

在file 文件中， 为不同的区域定义不同的r0和r1, 示例

就可以生成下图中最内圈的highlight