1.网络的延迟
由于mysql主从复制是基于binlog的一种异步复制，通过网络传送binlog文件，理所当然网络延迟是主从不同步的绝大多数的原因，特别是跨机房的数据同步出现这种几率非常的大，所以做读写分离，注意从业务层进行前期设计。

2.主从两台机器的负载不一致
由于mysql主从复制是主数据库上面启动1个io线程，而从上面启动1个sql线程和1个io线程，当中任何一台机器的负载很高，忙不过来，导致其中的任何一个线程出现资源不足，都将出现主从不一致的情况。

3.max_allowed_packet设置不一致
主数据库上面设置的max_allowed_packet比从数据库大，当一个大的sql语句，能在主数据库上面执行完毕，从数据库上面设置过小，无法执行，导致的主从不一致。

4.key自增键开始的键值跟自增步长设置不一致引起的主从不一致。

5.mysql异常宕机情况下，如果未设置sync_binlog=1或者innodb_flush_log_at_trx_commit=1很有可能出现binlog或者relaylog文件出现损坏，导致主从不一致。

6.mysql本身的bug引起的主从不同步。
7.版本不一致，特别是高版本是主，低版本为从的情况下，主数据库上面支持的功能，从数据库上面不支持该功能。