10 月 25日 安装samtools 缺少 lzma.h 源码编译

起因

对于自学生物信息学的我真是作死的一天，还好我是打不死的小郑，反正服务器主机不能联网，做RNA-seq 要用到samtools，我灵机一动，把sam 文件传到mac电脑，然后在mac上安装samtools，处理文件为bam，再传回主机进行下一步，真是perfect哈，然后事实并不是你想的那样的。。。

步骤及问题

1.首先下载samtools 的源码文件http://www.htslib.org/download/
2.解压
3.cd 进入解压的文件夹
4.make

以上是标准步骤，然而

fatal error: zlib.h & lzma.h : No such file or directory

fatal error.png

图片不是第一次遇到的问题时的，因为我已经找不到第一次的图片了

然后就是各种百度 谷歌

http://blog.csdn.net/xubo245/article/details/50835347
http://blog.csdn.net/digent1/article/details/9467739
http://seqanswers.com/forums/showthread.php?t=9708
https://stackoverflow.com/questions/22738077/backports-lzma-lzmamodule-c11518-fatal-error-lzma-h-no-such-file-or-direct

其实远远不止这些，但是说道底，就是缺啥补啥

我自然是安装了这些包，但是有一点，mac和linux下不一样，mac 下 用brew install xz

有一篇文章里面说的 lzma.h 转到xz里面

OK，顺便普及一下什么是头文件，也就是.h

在C语言家族程序中，头文件被大量使用。一般而言，每个C++/C程序通常由头文件(header files)和定义文件(definition files)组成。头文件作为一种包含功能函数、数据接口声明的载体文件，主要用于保存程序的声明(declaration)，而定义文件用于保存程序的实现 (implementation)。 .c就是你写的程序文件。

其实我C++一点也不懂。。。

然而我安装完成之后，还是说缺少，没找到

我仔细想了一下，应该是已经装好了，刚好也看到一篇文章里面说 用一下这个命令：

sudo find /usr -name lzma.h

确实已经安装在我的目录里面了：

然后我想了2个思路去解决

第一个坑死我的思路：

去修改makefile 这个文件

makefile

然后我根本不懂C语言，百度了半天，说是在CFLAGS
后面加上include 路径就可以了

-I/usr/local/Cellar/xz/5.2.3/include/

open makefile

好吧，不知道有没有哪位大神教我一下，为啥我加了这个，而且也试了在命令行加了路径，就是说不行。。

第二个思路：我直接把那个文件考到需要的目录就可以了

这个方法是可行的，但是mac电脑有robotless机制，根目录下的那个文件夹不能考，用root 也不行，只有在物理开机的时候取消这个机制，但是我胆子小，没有去尝试。

然后我就不详细说啦，反正我又找了2个小时，期间还去构建了一个虚拟机，尝试各种方法，最后我找到了还有一个路径

cp -r lzma /usr/local/include

把之前的 lzma 和lzma.h 都复制到 /usr/local/include 下，就可以make 了

好不容易啊。。。。

最后总结一下在一点不知道C语言的情况下如何搜索：

1.编译的头文件如何增加路径
2下载安装好的 lzma.h 怎么放到程序可读的文件路径中
3.make 缺少包 lib .h 如何安装
4.源码编译中如何修改makefile 增加路径
5.mac 如何安装 lzma.h