Day 5 软件安装

软件安装难易优先级

以下软件都可以用conda install -y 来完成
此时都可以在rna或者wes这样的小环境下安装，不会污染大环境

blast,blat
质控，需要fastqc及multiqc，trim-galore 或者很多其它软件 trimmomatic, cutadapt
比对的软件：star,hisat2,bowtie2,tophat,bwa,subread
中间软件samtools,bcftools,GATK
包括找变异的：GATK, Platypus, VarScan, LoFreq,FreeBayes, SNVer, SAMtools, VarDict,cnvkit,sequenza
计数软件也很多：featureCounts,htseq, bedtools ,deeptools, salmon

安装前需要检索miniconda有无相应软件

source activate rna后在rna小环境下安装

rna 这个环境会出现在 miniconda的envs下

这些可执行软件都会在envs/rna/bin的路径下，在source activate rna后可以调用

samtools在安装后报错处理方案

samtools为最复杂的C源码安装

报错标志：在samtools --help后不出现帮助文档

image.png

结果方案：

step1在rna环境下卸载samtools##这一步也许是可以省略的，此处强迫症

在rna环境下卸载samtools

step 2官网下载二进制版本，并解压##注意下载到software文件夹强迫症患者

wget -c https://github.com/samtools/samtools/releases/download/1.9/samtools-1.9.tar.bz2

解压

tar解压命令总是记不住

step3安装和编译

注意需要安装软件的安装指南进行安装

注意需要安装软件的安装指南进行安装

step4 添加路径（vim .bashrc）：samtools下的bin路径添加到大环境（云服务器samtools是安装失败的）

只需要写程序的路径，不需要软件的文件

几点需要注意：

1.cnvkit这个软件安装时可能会报错，参考cui老师的
2.sequenza其实是r-sequenza用来测量肿瘤纯度的
3.featureCounts可以用subread安装
4.sratoolkit需要使用二进制版本安装sratoolkit，方法同samtools安装。

安装软件参考jimiB站教学视频
同时可以参考生物信息学常见1000个软件的安装代码