ensembl-vep （docker：下载使用plugins、fasta、caches）

教程http://asia.ensembl.org/info/docs/tools/vep/script/vep_download.html

docker pull ensemblorg/ensembl-vep

docker run -ti ensemblorg/ensembl-vep ./vep （试验是否下载可运行）

mkdir /home/vep_data

chmod a+rwx /home/vep_data

docker run -tiv /home/vep_data:/opt/vep/ .vep ensemblorg/ensembl-vep perl INSTALL.pl (按提示下载cache等，啰里啰嗦，放弃！)

借此机会，开个新终端，查看下image的结构

docker ps (查看下container_id)·

docker exec -it container_id bash （进入image内部，看下examples下内容吧）

docker stop container_id（关闭）

docker run -t -i -v /home/vep_data:/opt/vep/ .vep ensemblorg/ensembl-vep perl INSTALL.pl -a cfp -s homo_sapiens -y GRCh37 -g all (自动下载所有东西，但是实在太慢了啊！！！放弃)

（a (or --AUTO) with the parameters c (cache), f (fasta) and p (plugins) . If you wish to include the VEP plugins, add the 'p' value to the -a flag and the --PLUGINS (or -g) flag as well:）

本地文件夹结构：与容器共享数据路径下，创建input，output，Plugins文件夹(名称、路径只是建议，随便啦)

ensembl-vep （docker：下载使用plugins、fasta、caches）_第1张图片

1）下载caches, ftp://ftp.ensembl.org/pub/release-96/variation/VEP/homo_sapiens_vep_96_GRCh38.fa.gz

在/home/vep_data下解压，获得homo_sapiens文件夹/home/vep_data/homo_sapiens/96_GRCh38

2）下载fasta数据

ftp://ftp.ensembl.org/pub/release-96/fasta/homo_sapiens/dna/Homo_sapiens.GRCh38.dna.primary_assembly.fa.gz

在/home/vep_data/fasta下解压

3）去github下载plugin插件，https://github.com/Ensembl/VEP_plugins，例如G2P.pm,

https://asia.ensembl.org/info/docs/tools/vep/script/vep_plugins.html#g2p参看下载G2P.csv https://www.ebi.ac.uk/gene2phenotype/downloads

ensembl-vep （docker：下载使用plugins、fasta、caches）_第2张图片

将G2P.pm和2个G2P.csv放入/home/vep_data/Plugins中，

试一下

docker run -u root -t -i -v /home/vep_data:/opt/vep/.vep ensemblorg/ensembl-vep \

./vep --cache --offline --format vcf --force_overwrite \--dir_cache /opt/vep/.vep/ \

--hgvs --fasta /opt/vep/.vep/fasta/Homo_sapiens.GRCh38.dna.primary_assembly.fa \

--input_file /opt/vep/.vep/input/input.vcf \

--output_file /opt/vep/.vep/output/output.vcf \

--dir_plugins /opt/vep/.vep/Plugins \

--plugin G2P,file=/opt/vep/.vep/Plugins/CancerG2P.csv,html_report=/opt/vep/.vep/output/report.html,txt_report=/opt/vep/.vep/output/report.txt

--assembly GRCh38

(--vcf, Writes output in VCF format. )

report.txt长这样：

ensembl-vep （docker：下载使用plugins、fasta、caches）_第3张图片

report.html样子长这样：

ensembl-vep （docker：下载使用plugins、fasta、caches）_第4张图片

ensembl-vep （docker：下载使用plugins、fasta、caches）

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