在MySQL数据库中，如果不指定innodb_file_per_table参数，单独存在每个表的数据，MySQL的数据都会存放在ibdata1文件。mysql ibdata1存放数据，索引等，是MYSQL的最主要的数据。

操作步骤如下：

1，备份数据库
备份全部数据库，执行命令mysqldump -uroot -p123456 --add-drop-table --all-databases > /backup/all.sql

删除数据库
drop database db1;
drop database db2;
做完此步后，然后停止数据库。


2，修改mysql配置文件

修改my.cnf文件，增加下面参数来开启独立表空间，1表示开启，对每张表使用单独的innoDB文件
innodb_file_per_table = 1

 

3，删除原数据文件
删除原来的ibdata1文件及日志文件ib_logfile*，删除data目录下的应用数据库文件夹(mysql,test,information_schema数据库本身文件夹不要删除)。

 

4，还原数据库
还原全部数据库，执行命令mysql -uroot -p123456 < /backup/all.sql


经过以上几步后，可以看到新的ibdata1文件就只有几十M了，数据及索引都变成了针对单个表的小ibd文件了，它们在相应数据库的文件夹下面。