10 月 18 日 NGS总览学习

参考文章：http://www.dxy.cn/bbs/topic/23681470

NGS 是"Next-generation" sequencing technology

那么NGS 分为 DNA-seq 和 RNA-seq

DNA-seq

CHlP-seq  EXon-seq  whole-DNA-seq

研究的目的： 研究转录因子TF DNA结合位点 表观遗传修饰 DNA甲基化 全基因组测序寻找遗传变异位点SNP和InDel

使用工具：

质量检测：Fastqc 

拼装：把成千上万的reads拼装到基因组上， 这里又分从头拼装和有参考组的拼装。

bowtie bwa maq soap 

参考组（reference): 从 UCSC genome browser 中下载

RNA-seq

使用工具：

质量检测：Fastqc

拼装：把成千上万的reads拼装到基因组上， 这里又分从头拼装和有参考组的拼装。

Tophat Cufflinks

参考组（reference): 从 UCSC genome browser 中下载