基因互作网络分析图

材料：差异基因的 “Gene Symbol”
1、利用String进行蛋白互作网络分析
STRING是蛋白质相互作用数据库，可用来分析已知蛋白之间和预测蛋白质之间相互作用。
这里我们是分析多个蛋白质之间的互作关系，如上图依次进行操作：
1）选择输入选项–Multiple proteins;

（2）选择输入文件，也可复制所有基因粘贴到上面的输入框中；

（3）选择物种，这里选择人类；

（4）点击SEARCH进行搜索分析。

进入主页，如下图，这里既可以输入一个蛋白分析其与已知蛋白质之间的联系，还可以输入多个蛋白 分析他们之间的互作关系。

搜索分析后会出现多个结果，一般选择默认的直接点击continue即可，
最后便会出现我们输入基因的检索结果：

上面展示了默认的蛋白互作网络图，通过下方的settings选项，我们可以设置建立互作关系的阈值以及网络图中边线表示的意义：

（1）evidence：不同颜色的线表示不同证据；

（2）confidence：两个蛋白质相互作用越强连线越粗；

（3）actions：不同颜色和形状的线表示不同的作用。

其中各种不同边线表示的意思可以在Legend中进行查看。

在Analysis中可以查看GO和KEGG通路分析结果

点击下方的download下载GO分析结果。

在Exports选项中可以根据自己的需要导出网络图以及表示网络中各个节点关系的文本文件。

2、利用cytoscape绘制蛋白互作网络

作者：井底蛙蛙呱呱呱
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来源：简书
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