生物信息人需要掌握的最基础liunx知识

文件夹操作

1 pwd：path of working directory,输入之后就会显示你目前的目录是什么

2 ls:list，列出文件夹与文件

3 ls -lh：long format(显示详细信息,如大小，日期，权限),human read(人可以看懂的格式)，第一行显示这个文件夹内所有文件的合计大小，日期和时间，最后是完整档名

4 cd :change directory，更换工作目录，如cd <文件夹名>

5 cd .. 切换到上一层

6 mkdir: make directory,建立文件夹

7 rmdir: remove directory,删除文件夹

文件操作

1 cp: copy，复制文件，如cp<原文件名称><新的文件名称>，注意新名字不能和原名自一样，取新名字的时候可以在原名称的基础上加.bak表示备份的意思。用cp将文件拷到某一文件夹下，如cp<原文件名称><文件夹路径>

2 rm: remove，删除文件，如rm<文件名>，也可用来删除非空文件夹，如rm -rf <文件夹名>

3 mv:move,移动文件，如mv<文件名><文件夹名>，也可用来更换文件夹名，如mv<原文件名><信文件名>

权限的指派和分配

1 linux系统安全的原因很大部分是因为有完整的权限规范。没有权限就没有存取或者执行的权利

2 chown: change owner，改变文件所有者，如chown<使用者帐号名称><文件名>，此时需要在前面加上sudo，表示暂时以系统管理员的名义执行

3 chmod: change mode，更改模式，这个很常用，因为当从网上下载生物信息工具或者执行脚本，通常都没有执行的权限，导致直接输入文件名没有办法执行，因此我们要为他加上权限，如chomd +x<文件名>，x为execute权限意。对于第一次接触权限的人，除了执行权限以外还要考虑读取和写入的要求，此时+x是不够的，可以直接使用chomd 777<文件名>,777是权限的第一,执行代码是1,写入代码是2,读取代码是4,加在一起就是7,三位数表示不同的身份,文件所有者,文件所有者群组和其他人,777表示三种身份可以全部获取权限

系统相关指令

1 meminfo:了解电脑里有多少内存,输入cat /proc/meminfo

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bash -4.2$ cat /proc/meminfo
MemTotal:       1056862284 kB
MemFree:        416375684 kB
MemAvailable:   915386776 kB
Buffers:             976 kB
Cached:         516132060 kB
SwapCached:       994316 kB
Active:         245947200 kB
Inactive:       379525892 kB
Active(anon):   108710828 kB
Inactive(anon): 24892040 kB
Active( file ):   137236372 kB
Inactive( file ): 354633852 kB
Unevictable:       44052 kB
Mlocked:           44052 kB
SwapTotal:      344625144 kB
SwapFree:       336930000 kB

看第一行即可,除1024计算内存

2 cpuinfo:查询处理器的规格,输入cat /proc/cpuinfo

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processor : 63
vendor_id : GenuineIntel
cpu family : 6
model : 47
model name : Intel(R) Xeon(R) CPU E7- 4830 @ 2.13GHz
stepping : 2
microcode : 0x37
cpu MHz : 2133.000
cache size : 24576 KB
physical id : 3
siblings : 16
core id : 25
cpu cores : 8
apicid : 243
initial apicid : 243
fpu : yes
fpu_exception : yes

看processor和model name即可,如我得processor旁边数字为63,意思是我有64核心(从0计算),而model name,型号是 Intel(R) Xeon(R) CPU E7- 4830  @ 2.13GHz,就是intel xeon处理器,上网可搜到详细的资料

3 df,用来查看磁盘空间,磁盘空间在生物计算时十分重要,不只是用来储存原始资料,计算过程中也需要磁盘空间储存,或者用磁盘空间当作内存不足是的缓冲,在linux本身就有swap的机制.输入 df -h

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bash -4.2$ df -h
文件系统 容量 已用 可用 已用% 挂载点
devtmpfs 504G 0 504G 0% /dev
tmpfs 504G 25G 480G 5% /dev/shm
tmpfs 504G 4.0G 500G 1% /run
tmpfs 504G 0 504G 0% /sys/fs/cgroup
/dev/mapper/cl_galaxy-root 2.7T 15G 2.7T 1% /

4 top:查询正在进行的工作,会显示目前执行的程序和耗用的cpu与内存比

其他

1 cat:显示文件内容,如cat<文件名>

2 wget:从网络下载文件,如wget<完整网址>,wget支持http,ftp

3 scp:远端文件传输,用于把文件从终端传到另一个服务器,如 scp <本机文件名><远端帐号名>@<远端主机地址>:<远端主机存放路径>

4 tar: 将文件打包,从网上下载的文件,很多都是用tar封装的,可以靠他解压,如 tar -cvf<打包文件名><文件夹名>.通常打包文件名后会有tar字样,若是用gzip压缩,会以gz结尾,以bzip2格式压缩以bz2结尾(参数要改成 -czvf或-cjvf).解压缩,如tar -xvf<打包后的文件名>,若是zip文件就要输入unzip <文件名>.