植物基因组数据库

植物基因组数据库
| Database | URL | Species |
| RARTF | http://rarge.gsc.riken.jp/rartf/ | 拟南芥 |
| AGRIS, AtTFDB | http://arabidopsis.med.ohio-state.edu/AtTFDB/ | 拟南芥 |
| DATF | http://datf.cbi.pku.edu.cn/ | 拟南芥 |
| DRTF | http://drtf.cbi.pku.edu.cn/ | 水稻 |
| DPTF | http://dptf.cbi.pku.edu.cn/ | 白杨 |
| TOBFAC | http://compsysbio.achs.virginia.edu/tobfac/ | 烟草 |
| SoybeanTFDB | http://soybeantfdb.psc.riken.jp/ | 大豆 |
| PlantTFDB | http://planttfdb.cbi.pku.edu.cn/ | 22种植物 |
| PlnTFDB | http://plntfdb.bio.uni-potsdam.de/v3.0/ | 20种植物 |
| GRASSIUS, GrassTFDB | http://grassius.org/grasstfdb.html | 玉米、水稻、高粱、甘蔗 |
| LegumeTFDB | http://legumetfdb.psc.riken.jp/ | 大豆、百脉根、蒺藜苜蓿 |
| DBD | http://dbd.mrc-lmb.cam.ac.uk/DBD/index.cgi?Home | 多于700物种 |
文献免费下载网站，比NCBI更牛掰，不需要购买权限，外网也可以畅快的下载！（第二个需要购买权限）
http://www.geenmedical.com/search
https://scholar.glgoo.org/

文献快递，让你第一时间了解本领域的研究进展，只需阅订相关的期刊，输入key words即可查询：
https://www.inoreader.com/
亚细胞定位网站（第一个预测很准，使用最新版本预测）
http://www.csbio.sjtu.edu.cn/bioinf/Cell-PLoc-2/
http://www.cbs.dtu.dk/services/
https://wolfpsort.hgc.jp/

研究MiRNA的数据库：

miRBase

http://www.mirbase.org

TargetScan

http://www.targetscan.org

microRNA.org

http://www.microrna.org/

starBase v2.0

http://starbase.sysu.edu.cn/

PITA

http://genie.weizmann.ac.il/pubs/mir07/mir07_dyn_data.html

PicTar

http://www.pictar.org/

RNAhybrid

http://bibiserv.techfak.uni-bielefeld.de/rnahybrid/

miRWalk 2.0

http://zmf.umm.uni-heidelberg.de/apps/zmf/mirwalk2/

DIANA-microT

http://diana.cslab.ece.ntua.gr/microT/

miRNAMap

http://mirnamap.mbc.nctu.edu.tw/

Deepbase v2.0

几个植物和动物数据库网站：
http://plants.ensembl.org/index.html
http://www.ensembl.org/index.html
http://www.gramene.org/
https://phytozome.jgi.doe.gov/pz/portal.html
AIR 拟南芥 http://www.arabidopsis.org/
SIGnAL 拟南芥 http://signal.salk.edu/
RARGE 拟南芥 http://rarge.psc.riken.jp/
Rice Genome Annotation Project 水稻 http://rice.plantbiology.msu.edu/
RAP-DB 水稻 http://rapdb.dna.affrc.go.jp/
SOL genomics network 茄科 http://solgenomics.net/
Gramene 禾本科 http://www.gramene.org/
GrainGenes 麦类作物 http://wheat.pw.usda.gov/GG2/index.shtml
SoyBase 大豆 http://www.soybase.org/
MazieGDB 玉米 http://www.maizegdb.org/
CyanoBase 蓝细菌 http://genome.kazusa.or.jp/cyanobase/
GDR (Genome Database for Rosaceae) 蔷薇科 http://www.bioinfo.wsu.edu/gdr/
Brassica Genome Gateway 芸苔 http://brassica.bbsrc.ac.uk/
Cucurbit Genomics Database 葫芦科 http://www.icugi.org/
Phytozome 植物 (全基因组信息) http://www.phytozome.net/
PlantGDB 植物(全基因组或/大规模 EST信息) http://www.plantgdb.org/
EnsemblPlants 植物(全基因组信息) http://plants.ensembl.org/index.html
ChloroplastDB 植物(叶绿体基因组) http://chloroplast.cbio.psu.edu/
KEGG PLANT 植物(全基因组或/大规模 EST信息) http://www.genome.jp/kegg/plant/