Linux与生物信息（第一章——Linux常用命令2）
（网易云课堂，腾讯课堂生物信息讲师，高级生物信息工程师）
1.3 压缩解压缩
1.3.1 tar
功能说明：加入或还原备份文件内的文件
语 法：tar -f[cxzjv]
参 数：-f 必加参数
-c 创建备份文件
-x 从备份文件中还原文件
-z 调用gzip/gunzip来压缩/解压缩文件
-j 调用bzip2/bunzip2来压缩/解压缩文件
-v 显示命令执行过程
Example ：tar -cf newfile.tar file1 file2 将file1，file2文件打包到newfile.tar
tar -xf newfile.tar 提取newfile.tar中的文件
tar -czvf newfile.tar.gz file1 file2 将file1，file2文件打包并调用gzip程序将文件压缩为 newfile.tar.gz
tar -xzvf newfile.tar.gz 将newfile.tar.gz文件解压并提取里边的文件
1.3.2 zip
功能说明：压缩并生成“.zip”结尾的文件
语 法：zip [-1..9][-r]
参 数：-r 将子目录下所有文件和目录一并处理
-1..9 压缩效率，数值越大，压缩效率越高
Example ：zipnewfile.zip file1 file2 将file1，file2进行压缩到newfile.zip内
解压方式：使用unzip进行解压，unzip newfile.zip
1.3.3 gzip
功能说明：压缩并生成“.gz”结尾的文件
语 法：gzip [-1..9][-r]
参 数：-r 对目录下的文件进行压缩，但不会对目录进行压缩
-1..9 压缩效率，数值越大，压缩效率越高（默认6）
Example ：gzip file 将file压缩为file.gz并删除源文件
解压方式：使用gunzip进行解压，gunzip file.gz
1.3.4 bzip2
功能说明：压缩并生成“.bz2”结尾的文件
语 法：bzip2
Example ：bzip2 file 将file压缩为file.bz2并删除源文件
解压方式：使用bunzip2进行解压，bunzip2file.bz2
1.4数据统计与处理
1.4.1 sort
功能说明：将文本文件内容进行排序
语 法：sort [-nkr]
参 数：-n/-g 将文件按数值大小从小到大排序（默认按ascii码从小到大排序）
-k
-r 反向排序
Example ：sort file 对file文件按第一列内容ascii码值从小到大排序并输出。
sort -n -k 3 file 对file文件按第3列内容数值大小从小到大排序。
sort -nr -k1,2 file 对file文件按数值大小反向排序，优先考虑第一列，再考虑第二列
1.4.2 uniq
功能说明：合并文件中相邻的相同的行
语 法：uniq [-cd]
参 数：-c 在每行第一列显示该行重复次数
-d 仅显示有重复的行
Example ：uniq -c file 合并相同的行，并统计每行重复次数，输出到屏幕
uniq -d file outfile 合并相同的行，并显示file中有重复出现的行，输出到outfile文件中
1.4.3 wc（word count）
功能说明：统计文件中字节数
语 法：wc [-cwl]
参 数：-c 只统计字节数/Bytes数
-w 只统计字数（单词数）
-l 只统计行数
Example ：wcfile 显示文件file的字节数，字数，行数
wc -l file 显示文件file的行数
1.4.4 grep
功能说明：查找文件中符合条件的行
语 法：grep [-v]
参 数：-v 不匹配，显示文件中不匹配string的行
Example ：grep world file 查找文件中含有“world”的行
grep -v world file 查找文件中不含有“world”的行
1.4.5 awk
功能说明：对特定的行中特定的列进行操作
语 法：awk [-F] ‘(condition){operate}’
参 数：-F 指定列的分割符，可以使任意字符，默认按空白分割
Example ：awk -F “:” ‘{print $1}’ 按“：”来分割并打印出第一列
awk ‘($1 > 100){print $0}’ 对第一列大于100的行整行输出
awk ‘($1 > 100){print $1”\t”$2}’ 对第一列大于100的行输出第一列和第二列的结果并以“\t”分割。
awk ‘($3~/world/){ x+= $1}END{print x}’ 对第三列匹配“world”的行的第一列求和，全部处理完之后输
出结果x的值
1.4.6 sed
功能说明：文本处理并可对文件进行编辑
语 法：sed [-i] '{command}'
参 数：-i 直接在原文件中修改（默认修改后屏幕输出，原文件不变）
Example ：sed -i ‘s/test/new_word/’ file 将file文件中的test字符替换为new_word
sed -i ‘/pattern/ s/ test/new_word/’ file 将file文件中匹配pattern字串的行进行替换操作
sed -i ‘/^$/ d’ file 将文件file中的空白行删除（d）
1.5.1 md5sum
功能说明：验证文件传输的完整性
语 法：md5sum [-c]
参 数：-c 校验文件传输后是否完整
Example ：md5sumfile1 对file1文件生成md5值。
md5sum file1 > newfile 对file1文件生成md5值并重定向到newfile中。
md5sum -c newfile 检验newfile中文件的md5值是否和文件一致。
1.5.2 chmod
功能说明：设置文件或目录权限
语 法：chmod [-R]
参 数：-R 对目录和目录下所有文件均设置权限
详细说明：文件权限分为是否可读(r)、是否可写(w)、是否可执行(x)3种，同时对应档案拥有者(u)、同组成员(g)、其
他成员(o)3种。mode分为符号模式和数值模式。
符号模式：[ugoa] [+-=] [rwx]
数值模式：用1/0表示，则111表示可读可写可执行，000表示不可读不可写不可执行，可读可写可执行
分别对应10进制的4,2,1，则5表示可读不可写可执行。
Example ：chmod u+xg=rx o-rwx file 对file 文件用户自身增加可执行权限，同组成员权限设置为可读可写，
对其他成员移除rwx权限。
chmod a-w file 对file文件所有成员移除可写权限。
chmod -R 750 dirname 对dirname目录及其下所有文件权限设置为用户自身可读可写可执行，同组
成员可读可执行，其他成员无权限。
1.5.3 find
功能说明：查找文件
语 法：find [path] [expression]
详细说明：path 在path路径下进行查找
expression 查找模式，常用的有
-name
-perm
-user
-group
-mtime <+n/-n> 按文件更改时间查找，-n表示更改时间距现在n天以内，+n表示距现
在n天以外
-type
Example ：find./ -name file 在当前目录及其子目录下查找文件名为file的文件
find ./ -name ‘*a’ -type d 寻找文件名以a结尾的目录文件。
1.5.4 du
功能说明：显示目录或文件的大小
语 法：du [-ash] [--max-depth=
参 数：-a 显示目录中个别文件大小
-s 只显示总计
-h 以“K” ，“M” ，“G”为单位显示
--max-depth=
Example ：du -sh ./ 显示当前目录的大小
du -ah --max-depth=1 dir 显示dir目录下所有文件大小，不包括下一级目录