RDKit | 化合物亚结构搜索与结果输出

环境

• Python 3.6
• RDKit 2019

方法

假定搜索目标化合物作为Mol字符串包含在称为mols的列表中。 可以在以下流程中执行部分结构搜索，并突出显示匹配化合物的匹配部分结构。

导入库

from rdkit.Chem import AllChem
from rdkit.Chem import Draw, Descriptors
from rdkit.Chem import PandasTools

生成部分结构作为查询

query = AllChem.MolFromSmiles("c1ccccc1c1ccccc1")
Draw.MolToImage(query)

分子库

suppl = AllChem.SDMolSupplier('structures.sdf')
mols = [x for x in suppl if x is not None]
print (len(mols))