RDKit | 基于Fraggle算法评估化合物的相似性

        当评估分子相似性时，经常使用基于分子指纹的Tanimoto系数。该方法本身没有问题，但是使“相似”的原因因情况而异，因此存在新的相似性确定方法的空间。Fraggle就是一种特殊的相似性评估算法。

 

Fraggle与现有相似度评估方法之间的差异

        Fraggle是用于考虑GSK中分子相似性的方法之一，最初是在2008年使用Daylight工具包实现的。RDKit 从2013.09版本开始可用。

        Fraggle开发的动机是响应“分子中心的精细结构变化”。具体地，列出下列氮杂吲哚衍生物的位置异构体作为实例。

通过ECFP4指纹评估的这些分子的相似性似乎是0.65。是否认为这些分子更相似取决于您，但是Fraggle提供了一种算法来评估这些分子的相似性。