DGL | 基于JTNN可视化给定分子的邻居分子

JTNN

JTNN ： Junction Tree Variational Autoencoder for Molecular Graph Generation

JTNN使用称为联合树算法从分子图形成一棵树。然后，模型会将树和图编码为两个单独的向量z_G和z_T。

JTNN是一种自动编码器模型，旨在学习分子图的隐藏表示。这些表示可用于下游任务，例如属性预测或分子优化。

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基于JTNN可视化给定分子的邻居分子

导入库

import torch
from torch.utils.data import DataLoader, Subset

import argparse
from dgl import model_zoo
import rdkit
from dgl.examples.pytorch.model_zoo.chem.generative_models import jtnn
from dgl.model_zoo.chem.jtnn import JTNNDataset, cuda, JTNNCollator
from rdkit.Chem import MolFro