RDKit | 基于RDKit绘制带原子索引的分子

RDKit可以使用IPythonConsole轻松绘制分子。

 用原子索引绘制分子。

---

from rdkit import Chem
from rdkit.Chem import Draw
from rdkit.Chem.Draw import IPythonConsole
IPythonConsole.ipython_useSVG = True

 

def mol_with_atom_index( mol ):
    atoms = mol.GetNumAtoms()
    for idx in range( atoms ):
        mol.GetAtomWithIdx( idx ).SetProp( 'molAtomMapNumber', str( mol.GetAtomWithIdx( idx ).GetIdx() ) )
    return mol

 

mol = Chem.MolFromSmiles( "C1CC2=C3C(=CC=C2)C(=CN3C1)[C@H]4[C@@H](C(=O)NC4=O)C5=CNC6=CC=CC=C65" )

 

#Default
mol

#With index
mol_with_atom_index(mol)