RDKit | 基于机器学习的化合物活性预测模型

主成分分析(Principal Component Analysis,PCA)

        PCA是非常经典的降维算法,属于无监督降维,做机器学习的应该都有所了解。但是,除了基本的PCA推导和应用之外,还有SparsePCA、KernelPCA、TruncatedSVD等等,另外PCA和特征值、奇异值的关系以及SparsePCA和字典学习(Dict Learning,Lasso)的关系等等,也是比较有趣的事情。

PCA算法概念

        PCA(PrincipalComponent Analysis)主成分分析,也称为卡尔胡宁-勒夫变换(Karhunen-Loeve Transform),是一种用于探索高维数据结构的技术。

        PCA是一种较为常用的降维技术,PCA的思想是将维特征映射到维上,这维是全新的正交特征。这维特征称为主元,是重新构造出来的维特征。在PCA中,数据从原来的坐标系转换到新的坐标系下,新的坐标系的选择与数据本身是密切相关的。第一个新坐标轴选择的是原始数据中方差最大的方向,第二个新坐标轴选择和第一个坐标轴正交且具有最大方差的方向。该过程一直重复,重复次数为原始数据中特征的数目。大部分方差都包含在最前面的几个新坐标轴中。因此,可以忽略余下的坐标轴,即对数据进行降维处理。

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PCA算法本质

        PCA算法本质就是找一些投影方向,使得数据在这些投影方向上的方差最大,而且这些投影方向是相互正交的。这其实就是找新的正交基的过程,计算原始数据在这些正交基上投影的方差,方差越大,就说明在对应正交基上包含了更多的信息量。原始数据

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