nii图像保存成png格式（Ubuntu+python）

这里介绍一个nii文件保存为png格式的方法。

这篇文章是介绍多个nii文件保存为png格式的方法：

https://blog.csdn.net/weixin_43330946/article/details/89576759

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系统：Ubuntu 16.04

软件： python 3.5

先用pip安装nibabel、numpy、imageio、os。

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import nibabel as nib
import numpy as np
import imageio
import os

def read_niifile(niifile):           #读取niifile文件
    img = nib.load(niifile)          #下载niifile文件（其实是提取文件）
    img_fdata = img.get_fdata()      #获取niifile数据
    return img_fdata

def save_fig(file):                  #保存为图片
    fdata = read_niifile(file)       #调用上面的函数，获得数据
    (x,y,z) = fdata.shape            #获得数据shape信息：（长，宽，维度-切片数量）
    for k in range(z):
        silce = fdata[k,:,:]         #三个位置表示三个不同角度的切片
        imageio.imwrite(os.path.join(savepicdir,'{}.png'.format(k)),silce)
                                     #将切片信息保存为png格式

dir = './.nii'                       #nii的路径
savepicdir = ''                      #保存png的路径
os.mkdir(savepicdir)                 #创建文件夹
save_fig(dir)                        #运行程序，保存为图像

不要忘记返回img_fdata，否则下一个文件会报错。