Amber18安装（非root用户）

这篇博客说一下动力学软件Amber18的安装方法，虽然只有几个步骤，但是过程还是比较周折的，安装过程中容易报错。

1. 两个安装包

Amber18.tar.bz2和AmberTools18.tar.bz2

对这两个安装包解压：

tar xjf Amber18.tar.bz2

tar xjf AmberTools18.tar.bz2

运行完成后，会在目录下生成amber18这个目录

然后设置环境变量，在~/.bashrc中加入

最后source ~/.bashrc

2. 配置

进入amber18，cd amber18

这里可以输入./configure --full-help查看命令解释

这里可以看到编译器的选择，强烈推荐使用intel编译（因为我用其他的都报错了）。而且，intel要是12-17版的，18版的也会报错。接下来是关于python的，最好是已经安装过python，否则在配置过程中会问是不是要安装minicanda，又会有一些不必要的麻烦和错误下信息。

输入命令：

./configure --with-python ~/anaconda3/bin/python intel

3. 编译

第2步如果没有报错，那么第3步就基本不会有错

命令：

make install

这一步可能需要40分钟的时间，编译完成后目录下会生成amber.csh和amber.sh

4. 测试

命令：

make test

这一步可能需要1个小时以上的时间