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会议、招聘广告
培训会议
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- 2月14-16日，北京，微生物组-宏基因组分析第7期
- 2月28-3月1日，北京，高级转录组分析和R数据可视化
- 4月10-12日，北京，微生物组-扩增子16S分析第7期
人才招聘
- 中科院北京生科院赵方庆团队招聘人体微生物组方向特别研究助理
- 浙大蒋超组招聘博后和技术员：环境暴露组和微生物组
- 哈佛医学院刘洋彧组诚聘博后-微生物组学方向
- 华中农大津田賢一组招植物微生物组、生物信息方向博士后
- 西湖大学鞠峰团队招聘“土壤微生物组学”与“高通量基因组-培养组学”2名博士后
- 南科大翟继先组招聘，博士生8万+，博后34万+
- 西奈山医学院房刚组招聘博后—宏基因组与表观基因组
- 林科院亚热带所袁志林组招聘博后—林木根际微生物
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- 天昊生物16S扩增子绝对定量测序项目文章再次登陆《Science of the Total Environment》
- 天昊生物16S扩增子绝对定量测序技术助力客户登陆Science of the Total Environment
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科研经验
- 关于肠道菌群研究的7大事实和5大倡议
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软件流程
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- BIOM：生物观测矩阵——微生物组数据通用数据格式
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- 在线浏览器，在线PS，在线AI，在线编程
- STAMP——微生物组间差异统计分析 简明教程 中文帮助文档
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- Cytoscape: MCODE包实现网络模块化分析 GIANT包分析网络的Z、P-score 制作带bar和pie节点的网络图
- FUNGuild：真菌功能注释
- 在线RaxML构建系统发育树
- MetaboAnalyst 4.0，代谢组学研究利器的升级
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- RepeatMasker：基因组重复序列注释
- 基因组注释 1重复序列 2非编码和编码基因 3功能注释Prokka
- Canoco5绘制漂亮的DCA或CCA图
- 一个细菌基因组完整分析脚本
软件基础必学系列
- Linux命令screen—终端切换，工作环境保存，画面同步，防断网
- 玩转花式截图、录屏——FastStoneCapture使用指南
- Nature Method：Bioconda解决生物软件安装的烦恼
- 数据的质量控制软件——fastQC
- 整合QC质控结果的利器——MultiQC
- 极速的FASTQ文件质控+过滤+校正fastp
扩增子分析
- 价值130欧元的《微生物组分析Microbiome Analysis》2018版电子书
- 价值1143元的《R语言统计分析微生物组数据》系列图书
- 微生物组领域近十年最重要的8个软件或算法
扩增子教程
- 扩增子16S分析专题研讨论会——背景介绍
- 扩增子图表解读-理解文章思路
- 扩增子分析流程-把握分析细节
- 扩增子统计绘图-冲击高分文章
- 16S功能预测 0概述 1KO通路PICRUSt 2元素循环FAPROTAX 3表型bugbase 4KO通路Tax4Fun
- PICRUSt2：OTU/ASV等16S序列随意预测宏基因组，参考数据库增大10倍 FishTaco
- 水稻微生物组时间序列分析 1模式图与PCoA 2a相关分析 2b散点图拟合 3冲击图 4随机森林回归
- Nature Method ：Striped UniFrac算法分析微生物组大数据
QIIME 2最新教程中文(2019.7)
- NBT：QIIME 2可重复、交互和扩展的微生物组数据分析平台
- 1简介和安装Introduction&Install
- 2插件工作流程概述Workflow
- 3老司机上路指南Experienced
- 4人体各部位微生物组分析Moving Pictures
- Genome Biology：人体各部位微生物组时间序列分析
- ANCOM：找出微生物群落中的差异物种
- 5粪菌移植分析练习FMT
- Microbiome：粪菌移植改善自闭症
- 6沙漠土壤分析Atacama soil
- mSystems：干旱对土壤微生物组的影响
- 7帕金森小鼠教程Parkinson’s Mouse
- Cell：肠道菌群促进帕金森发生ParkinsonDisease
- 8差异丰度分析gneiss
- 9数据导入Importing data
- 10数据导出Exporting data
- 11元数据Metadata
- 12数据筛选Filtering data
- 13训练特征分类器Training feature classifiers
- 14数据评估和质控Evaluating and controlling
- 15样品分类和回归q2-sample-classifier
- 16纵向和成对样本比较q2-longitudinal
- 17鉴定和过滤嵌合体序列q2-vsearch
- 18序列双端合并read-joining
- 19使用q2-vsearch聚类OTUs
- 20命令行界面q2cli
- 21图形界面q2studio
- 22Python命令行模式
易生信-扩增子教程
- 01-背景介绍
- 02-真菌引物选择
Webserver在线分析平台
- MicrobiomeAnalyst：可视化微生物组网页工具
- NAR：gcMeta——全球微生物组数据存储和标准化分析平台
- NAR：rrnDB-16S拷贝数校正数据库
- METAGENassist帮你搞定宏基因组分析的图形需求
- SILVAngs:16S/18S在线分析1 2
- 微生物组数据库（http://egcloud.cib.cn）正式上线
相关软件和数据库教程
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- Nature Methods：快速准确的微生物来源追溯工具FEAST 使用实战
- SourceTracker—微生物来源分析
- LEfSe分析简介
简化美化LEfSe分析结果图 - DADA2中文教程v1.8
- 微生物组统计和可视化——phyloseq入门
- 微生物扩增子数据库大全
- NAR：UNITE真菌鉴定ITS数据库
- MER： 基于ITS区域marker扩增真菌群落的准确性
- MIMOSA2： 基于微生物组和代谢组数据的整合分析
宏基因组分析
高分文章和图书推荐
- 一文读懂宏基因组分析套路
- Springer发表第二版“宏基因组学”研究最新指导书
- Nature综述：2万字带你系统入门鸟枪法宏基因组实验和分析
- 1综述、MetaPhlAn2、Kraken、MetaMaps、HUMAnN2、MEGAHIT、MetaWRAP和宏表观组
- 2综述、metaSPAdes、IDBA-UD、MetaQuast、Prokka、metaProdigal
- 3宏基因组定量、功能注释和高级分析代码
软件评测和简介
- Cell：20种宏基因组学物种分类工具大比拼
- mSystems：鸟枪法宏基因组测序之外我们还能做什么
- 青岛能源所提出微生物组相似度新算法DMS
教程系列
- 2016加拿大宏基因组分析教程
- 1简介-定义、方法和数据库
- 2扩增子-微生物群落多样性
- 3PICRUSt功能预测
- 4宏基因组物种组成和分箱
- 5宏基因组功能数据库与通路
- 6宏转录组流程和功能
- 7挖掘微生物组生物标记
- 4500元的微生物组培训资料
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- 斯坦福大学统计系教授带你玩转微生物组分析
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- 微生物组学数据分析工具综述 | 16S+宏基因组＋宏病毒组＋宏转录组
- Nature Protocols：整合宏基因组、代谢组和表型分析的的计算框架
有参分析Read-based
- MetaPhlAn2基于多标记基因的宏基因组物种组成定量 文章解读 软件使用
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- Kraken：使用精确比对的超快速宏基因组序列分类软件
- 宏基因组注释和可视化神器MEGAN入门
无参Assembly-based
- 1背景知识-Shell入门与本地blast实战
- 2数据质控fastqc, Trimmomatic, MultiQC, khmer
- 3组装拼接MEGAHIT(多快好省)和评估quast
- MEGAHIT文章解读
- metaSPAdes：新型多功能宏基因组拼接工具
- IDBA-UD：组装非均匀覆盖度的宏基因组和单细胞数据
- MetaQuast：评估宏基因组拼接
- 4基因注释Prokka Prokka：快速原核基因组、宏基因组基因注释 Prodigal：原核基因识别和翻译起始位点鉴定 metaProdigal：宏基因组序列中的基因和翻译起始位点预测
- 5基于Kmer比较数据集sourmash
- 6不比对快速估计基因丰度Salmon Salmon不比对快速宏基因组基因定量
- 7bwa序列比对, samtools查看, bedtools丰度统计
- 8分箱宏基因组binning, MaxBin, MetaBin, VizBin
- 9组装assembly和分箱bin结果可视化—Anvi’o
- 10绘制圈图-Circos安装与使用
功能注释数据库
- KEGG在线数据库使用攻略
- NAR-2018-dbCAN2鉴定宏基因组CAZYome碳水化合物相关基因
- EggNOG功能注释数据库在线和本地使用 eggNOG 5数据库介绍
- antiSMASH：微生物次生代谢物基因簇预测
- NAR：antiSMASH数据库2—次级代谢物基因簇预测
- Briefings in Bioinformatics：微生物基因组学和功能基因组学相关软件和数据库的研究进展
- WebMGA：超快的基因组序列聚类注释在线工具
分箱专题
- Microbiome：宏基因组分箱流程MetaWRAP 简介 安装和数据库部署 实战和结果解读
- NBT：宏基因组"读云"10X建库+雅典娜算法组装获得微生物高质量基因组
- DAS工具: 利用去重、聚合和评分的策略从宏基因组中恢复基因组
- 一文读懂宏基因组binning
统计分析及可视化
- Krona绘制物种或功能组成圈图
- microbiomeViz：绘制lefse结果中Cladogram
- Nmeth：DEMIC——使用宏基因组数据预测细菌的生长速率
- curatedMD包挖掘宏基因组公共数据库
参考基因(组)集
- Cell：Tara2.0基因表达的改变和群落的更替塑造了全球海洋宏转录组
- Nature：基于宏基因组测序构建人类肠道微生物组参考基因集
- NC：全球柑橘根际微生物组的结构和功能
作者解读
作者解读专栏，由论文作者，来亲自讲述文章结果和背后的故事。
- NBT封面：水稻NRT1.1B基因调控根系微生物组参与氮利用
- NBT：南农突破成果—噬菌体：土壤“狙击手”激发根际防御军团(附视频)
- Science：拟南芥三萜化合物特异调控根系微生物组 专家点评
- Sciences：用膳食纤维"钓"出15株缓解糖尿病的细菌！
- Cell Research封面 | 刘志华组揭示肠道菌群可促进胰岛素的分泌
- Nat Micro：房刚组揭示细菌表观遗传调节艰难梭菌孢子形成
- Microbiome：环境过滤驱动农田生态系统土壤古菌独特的空间分布
- Microbiome：土壤微生物驱动退耕还林系统土壤剖面的养分循环
- ISME：群落构建过程的平衡介导农田土壤微生物群落物种共存
- Microbiome：40年施肥处理后固氮菌及氮固定受抑制 新闻稿:南土所褚海燕组揭示长期施肥抑制根际微生物固氮的作用机制
- Microbiome：根系分泌物驱动土壤记忆抵御植物病原菌
- Microbiome：马铃薯疮痂病与土壤微生物组关系新进展
- Microbiome：所谓的“富集培养”获得的微生物真的都是被“富集”出来的吗？
- Microbiome：鸡肠道微生物宏基因集(张和平、魏泓、秦楠点评)
- Microbiome：应用多维宏组学方法协同揭示复杂细菌群落对目标底物代谢的菌间相互关
- Microbiome：利用Nanopore高通量测序技术解析污水处理体系可移动抗性基因组
- Microbiome：随机过程主导亚热带河流微型真核浮游生物群落构建
- Microbiome：扩增子16S分析苏铁类植物微生物组
- ISME：污水厂抗性组受细菌组成和基因交换驱动且出水中抗性表达活跃
- ISME：城环所杨军组揭示水库蓝藻影响真核浮游生物的群落演替和物种共存
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- COM：重组菌群体系在根系微生物组研究中应用
- JCR：曝气生物滤池处理焦化废水过程中N2O和NO的产生机理与群落功能研究
- PC: 陈峰等纵论口腔菌群何以影响全身
- SBB：石油污染土壤微生物群落构建与生物多样性研究
- SBB：增温掩盖不同形态氮素对青藏高原草地微生物群落的作用
- SCLS：水稻微生物组时间序列分析
- SCLS：拟南芥二半萜类化合物调控根系微生物组
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- NC：菌物组构建—随机性v.确定性、干旱胁迫、宿主筛选、统一动态(郭良栋、杨军点评)
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单菌基因组
- SR：嗜酸古菌的代谢和进化模式
- ISME：Micrarchaeota和Parvarchaeota古菌门的代谢多样性
- ISME：嗜热嗜酸菌的地球生物学反馈和进化
- NC：小鼠肠道微生物资源库
三代测序专题
- NBT：牛瘤胃微生物组的参考基因组集
- NBT：宏基因组二、三代混合组装软件OPERA-MS
- NBT封面：纳米孔宏基因组6小时识别下呼吸道病原体
- 纳米孔测序揭示冻土冻融对土壤微生物群落变化的影响
- 2019新型冠状病毒Nanopore测序标准操作流程
Linux与Shell
- 生信人值得拥有的编程模板-Shell
- 生信人值得拥有的编程模板-Perl
- 手把手教你生信分析平台搭建
- Windows轻松实现linux shell环境：gitforwindows
- 开启win10内置Linux子程序
- Docker的基本使用-Ubuntu18.04
- linux 极简统计分析工具 datamash
- csvtk：高效命令行版极简dplyr
R统计绘图
R语言基础系列：
- 编程模板-R语言脚本写作：最简单的统计与绘图，包安装、命令行参数解析、文件读取、表格和矢量图输出
- R语言统计入门课程推荐——生物科学中的数据分析Data Analysis for the Life Sciences
- 数据可视化基本套路总结
- R图转成Word、PPT、Excel、HTML、Latex、矢量图等
- 你知道R中的赋值符号箭头
<-和等号=的区别吗？ - 使用dplyr进行数据操作30例
- 交集intersect、并集union、找不同setdiff
- R包reshape2，轻松实现长、宽数据表格转换
- 1数据类型（向量、数组、矩阵、 列表和数据框）
- 2读写数据所需的主要函数、与外部环境交互
- 3数据筛选——提取对象的子集
- 4向量、矩阵的数学运算
- 5控制结构
- 6函数及作用域
- 7认识循环函数lapply和sapply
- 8分解数据框split和查看对象str
- 9模拟—随机数、抽样、线性模型
ggplot2绘图基础系列：
- ggplot2高效实用指南 (可视化脚本、工具、套路、配色)
- ggplot2地理信息可视化 上 下
- 1初识ggplot2绘制几何对象
- 2图层的使用—基础、加标签、注释
- 3工具箱—误差线、加权数、展示数据分布
- 4语法基础
- 5通过图层构建图像
- 6标度、轴和图例
- 7定位-分面和坐标系
- 8主题设置、存储导出
- 9绘图需要的数据整理技术
- ggThemeAssist：鼠标调整ggplot2主题，不用再记这些代码啦！
- 不需要懂得编程，但却可以使用ggplot2画出论文级别的图？esquisse
高级统计绘图：
- 50个ggplot2可视化案例
- R语言大会：宏基因组数据分析和可视化套路总结
- 28个实用绘图包，总有几个适合你
- 热图绘制
- 获取pheatmap聚类后和标准化后的结果
- R做线性回归
- 绘图相关系数矩阵corrplot
- 相关矩阵可视化ggcorrplot
- 绘制交互式图形recharts
- 交互式可视化CanvasXpress
- 聚类分析factoextra
- LDA分析、作图及添加置信-ggord
- 解决散点图样品标签重叠ggrepel
- 添加P值或显著性标记ggpubr
- R语言一键批量完成差异统计和可视化
- Alpha多样性稀释曲线rarefraction curve
- 堆叠柱状图各成分连线画法：突出组间变化
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- 随机森林randomForest 分类Classification 回归Regression
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- Pathview包：整合表达谱数据可视化KEGG通路
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实验设计与技术
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- Rob Knight: PCR不需要做三个平行再混合！
基础知识
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- 小麦的一生矢量图收藏贴-从种子的萌发到完熟
文献精读
精读主要是指全文翻译，一字不落的阅读，通常字数过万
- Science：肠道菌群又添一大功能，揭示你的真实年龄
- Science：亚硝酸盐氧化细菌在黑暗海洋中的主要作用
- Science：又一明星菌群可以调控肠道免疫？
- Nature：人类胎盘应该真的是无菌的
- Nature：中科院先进院发现空间扩展生境定殖的进化稳定性策略
- 10篇Nature专题报导人类微生物组计划2(iHMP)成果及展望
- Nature：iHMP之“微生物组与炎症性肠病”
- Nature：iHMP之“微生物组与前驱糖尿病”
- Nat. Med.：iHMP之“微生物组与早产”
- Nat. Med. ：婴儿生命早期肠道病毒组和细菌组的动态
- Nature：人体菌群研究的25个里程碑
- Nature：首个肠道微生物对药物代谢影响的系统性研究
- Nature：TEDDY计划中幼儿肠道微生物组随时间的发育
- Nature: 来自细菌的通告——群体感知效应
- Nature：皮肤微生物群-宿主相互作用
- Cell：植物根系如何允许有益微生物定植的
- NBT封面：纳米孔基因组测序快速临床诊断细菌性下呼吸道感染
- NBT：MaPS-seq测序方法揭示肠道微生物空间分布
- NRM：人类微生物培养及培养组学culturomics
- NRM: 蓝藻水华的形成机理及防治动态
- NRM: 拥抱未知-解析土壤微生物组的复杂性
- NRM: 追“根”溯源：植物根际的微生物生态
- NRM 关键物种对于微生物菌群结构和功能的驱动作用
- NRM：多年冻土的微生物组
- Nature综述: 给医生的菌群分析指南上 下
- NC：南农沈其荣、张瑞福团队揭示多样性激发的确定性细菌装配过程限制群落功能
- NC：你觉得你吃的是草，其实你还是吃的土(遗传发育所朱峰)
- NC：恢复菌群多样性或能降低耐药性
- NC：蜜蜂肠道微生物的多样性
- NC：应对干旱 细菌崩了 真菌依然很稳（纯网络分析发Nature子刊）
- Nature子刊：南土所贾仲君组-稻田甲烷氧化的微生物机制
- PNAS: 干旱延缓高粱根系微生物组的建成并富集革兰氏阳性菌
- PNAS：人类皮肤微生物的独特性和哺乳动物的系统发育共生现象
- Microbiome：野生哺乳动物的皮肤和肠道微生物对核污染的反应
- Microbiome：微生物在植物世代之间的旅程
- Microbiome：南农张瑞福团队揭示放牧引起草原微生物组变化驱动土壤有机碳的转化和生产力的提升
- MITRE：利用微生物组时间序列数据推断与宿主状态变化相关的特征
- NAR：MicrobiomeAnalyst——统计、可视化微生物组数据
- Nature综述：微生物的社交网络 - 营养缺陷型如何塑造复杂群落
- Nature综述：优先效应在生命早期肠道微生物组形成中的作用
- Nat. Ecol. Evol.：不想当化学家的物理学家不是好的生物学家
- NM：微生物组数据系统发育分析的方法
- NM：全球污水处理厂细菌群落揭秘！
- Cell综述：人类肠道菌群-从关联到调控
- Cell ：根部微生物跨界的互作促进拟南芥生存
- Cell：新方法PopCOGenT鉴定微生物基因组间的基因流动
- Cell：小基因开启微生物组研究新领域——大规模鉴定微生物基因组编码的小蛋白质
- Cell子刊：人类微生物组参考基因集中的单体基因
- 肠菌亦“醉”人 | 中国团队登Cell子刊，发现60%的非酒精性脂肪肝与肠道菌有关，携带者体内酒精可达健康人4-6倍
- CHM综述-建立因果关系：合成菌群在植物菌群研究中的机会
- CHM：根瘤菌微生物群落的模块化特征及其与共生根瘤菌的进化关系
- CHM：成年同卵双胞胎的病毒组多样性与肠道微生物组多样性相关
- MP综述：植物-微生物互作的系统生物学
- PC：对菌群影响药效和毒性的全面总结
- ISME：病原菌介导植物根际有益微生物群落组装
- ISME：菌根真菌菌丝分泌物中的果糖作为信号激发解磷细菌活化植酸
- ISME：微生物生态学中的挑战：建立对于群落功能与动态的预测性认识
- FEMS综述: 如何从微生物网络中的“毛线球”理出头绪
- FM：大熊猫的肠道菌群可能并没有特化出发酵纤维素的能力
- NC：免疫组库高通量分析工具：IGoR——更精确剖析免疫组库
- TEE综述：植物—土壤反馈(PSF)：自然和农业科学间的桥梁
- MER：系统了解宏组学实验与分析
- Microbiome：中科院遗传发育所揭示植物发育和氮肥共同作用下的小麦根系微生物组
- Microbiome：土壤微生物群落对有机和无机土壤改良剂和细菌入侵的恢复力
- Microbiome：NGLess语言实现快速可重复分析宏基因组的流程NG-meta-profiler
- Molecular Plant：微生物跨界平衡维持植物健康
- 淡水：21世纪的分子微生物生态学
- NewPhy.-揭秘优势种dominant species
- ARM：植物微生物组的生态学与进化
- COB：自然界的循环利用-厌氧微生物群落推动着自然生物质的降解
- PNAS：问微生物群落演替之随机性与确定性过程-谁主沉浮
- SBB：南土所褚海燕组-pH主导土壤中固氮群落的共存与装配
- BT：关键胞外酶触发了细菌群落演替偶联的高效堆肥
- PB：玉米气生根分泌物支持的高效生物固氮
- ISME：高手开杠-‘1%的微生物可培养’到底为哪般？
- Viruses：病毒宏基因组学揭示马来亚穿山甲受仙台病毒和冠状病毒的侵染
- SBB：土壤微生物群落的特征究竟由什么决定
文章泛读
- Nature破解癌王生长关键：真菌由肠道入侵胰腺，定植增加3000倍，富集Malassezia菌
- Nature：肠道菌如何影响大脑，帮助消除恐惧相关的行为
- Nature：微生物的胆汁酸代谢物调节宿主肠道特异Treg细胞的稳态
- Nature专题：肠道菌群研究的现在和未来
- NBT|利用血液代谢组预测肠道微生物组的多样性
- NBT：利用细胞甘油三酯存储提高链霉菌中聚酮类化合物的效价
- Science：比较基因组揭示银边鱼应对捕鱼行为的表型进化机制
- Science评论|只需加一种菌，番茄不仅抗盐胁迫还提高65%产量！
- Science：微生物组“淘金热”，从人体中发现新型抗菌剂
- Nature Plants: 中科院微生物所郭惠珊研究组揭示土传病原菌逃避寄主免疫的新机制
- Nature综述：如何获得理想的微生物组
- Science：病原菌激活植物内生菌群的抑病功能
- Cell：绝对异养型生物改造成完全自养型生物
- Nature：在人类肠道营菌群中发现获得性细菌防御基因
国刊之光
- Fungal Diversity：70位作者共同修订真菌界担子菌门分类系统
- SEL：力争成为土壤生态学界的“Cell”
综述精选
- Science：综述肠道菌群如何影响社交行为
- Science: 微生物组是宿主新兴表型的来源
- NRM：工程微生物组的通用原则和最佳实践
- Ecology&Evolution|微生物功能多样性从概念到应用
- COM：下一代微生物组技术在作物生产中的应用——局限性以及基于知识的解决方案的需求
- COM：病原体之外-微生物组与植物免疫系统的相互作用
国同重要成果新闻稿
- CHM：中山大学李剑峰组揭示植物利用细菌获得真菌抗性
- Cell Research：华农解析水虻基因组图谱和肠道微生物组降解规律
- EST：李芳柏团队揭示微生物介导的砷氧化耦合硝酸还原
- Mol Plant |中科院微生物所郭惠珊组和中科院上海植物逆境中心段成国组合作揭示油菜生长与免疫动态调节的新机制
- NC：沈阳生态所揭示病原真菌和昆虫对温带森林木本植物物种共存的重要作用
科普视频-寓教于乐
- Nature点评丨超乎你想像，打喷嚏的飞沫竟然能飞这么远！戴口罩防新型肺炎非常有必要！
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写在后面
为鼓励读者交流、快速解决科研困难，我们建立了“宏基因组”专业讨论群，目前己有国内外5000+科研人员加入。参与讨论，获得专业指导、问题解答，欢迎分享此文至朋友圈，并扫码带你入群，务必备注“姓名-单位-研究方向-职务/年级”。技术问题寻求帮助，首先阅读《如何优雅的提问》学习解决问题思路，仍末解决群内讨论，问题不私聊，帮助同行。
学习16S扩增子、宏基因组科研思路和分析实战，关注“宏基因组”
