中科院单细胞分析算法开发博士带你做单细胞转录组分析

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福利公告：为了响应学员的学习需求，经过易生信培训团队的讨论筹备，现决定安排扩增子16S分析、宏基因组和Python课程的线上直播课。报名参加线上直播课的老师可在1年内选择参加同课程的一次线下课 。期待和大家的线上线下会晤。

目前可以通报的信息：

• 宏基因组线上直播时间：2020/05/15-2020/05/17

• 扩增子线上直播时间：2020/05/29-2020/05/31

• 报名链接：www/ehbio.com/Training

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单细胞转录组之前是跟常规转录组一起开课的，但后来因为涉及内容多，也需要更专业的讲解，2019年8月份第一次单飞独自开课，邀请中科院单细胞分析算法开发博士倾力授课，一鸣惊人，取得了很好的效果。

现于2020年04月17日-2020年04月19日在北京鼓楼推出《单细胞转录组数据整合分析第三期》（具体时间待疫情控制而定，可先报名）专题培训，在前两期基础上进一步精进提高，适合研究临床、动物、植物的科研工作者参加。

如果时间等不及，可以参加我们的线上视频课程，随时加入，随时开始。（购买之前联系我们，更有办法获得本次课程更新的视频）

课程简介

本课程一共3天，每天6节课，共18节课，全部课程均理论与实战结合(只要课上讲的都是可以带你自己实现的分析)。从分析平台搭建、Linux和R基础、图表解读和实战、单细胞转录组设计、分析标准流程、单细胞分型 (Cellranger, Seurat3, Scater, Monocle3, Scran)，Marker基因鉴定，Pseudo-time分析，单细胞整合分析（CCA，Seurat Anchor, label transfer, ）及功能富集分析及各类高级分析(WGCNA、通路图绘制等)，和CNS级图片修改排版。3天时间，老司机带您完成自学需要3个月甚至是1年的崎岖之路，助力您真正玩转单细胞转录组分析。

课程大纲

每节课1小时一个主题，理论结合实战，学懂原理，实战实操，全是老司机多年经验和代码的无私分享。下面是课程安排，如11代表第一天第一节课，26代表第二天第六节课，41为两周后的线上集中视频答疑。

编号	主题	简介
11	单细胞转录组特点介绍	注意事项
12	单细胞转录组分析环境搭建	Win/Linux
13	二代三代测序原理介绍	建库测序过程及注意事项
14	单细胞数据预处理	原始数据到表达矩阵
15	基因富集分析和可视化	GSEA富集分析
16	文章常见图表解读	和Illustrator制作CNS标准图版
21	单细胞数据质控	细胞基因筛选
22	单细胞数据降维可视化	PCA，tSNE，umap
23	单细胞数据分型	Kmeans，层级聚类，graph-based method
24	可视化、分型实战	Seurat3
25	Marker基因鉴定	Seurat3, Scran
26	基于知识和常规转录组	细胞类型定义
31	单细胞发育轨迹分析	Paga, Monocle3
32	单细胞数据整合分析	高级分析, mnnCorrect, Seurat Anchor
33	单细胞数据影响因素鉴定	批次校正, Seurat Anchor
34	圆桌论坛	自评学习效果、知识点回顾
41	答疑-线上	答疑、考试内容串讲

教程内容简介如下：

单细胞转录组技术介绍

1. 单细胞转录组学研究技术介绍

2. 单细胞转录组学实验设计和测序原则、注意事项

3. 二代、三代测序过程和原理解析

4. 单细胞转录组学文章案例分析

5. 目标基因GSEA/GO富集分析

单细胞转录组分析

1. 单细胞数据预处理和校正

2. 细胞分型，PCA,  TSNE,  SC3聚类 (Seurat3, Monocle3, Scater)

3. 单细胞发育演化分析

4. 转录组常见图形在线绘制

5. 单细胞Marker基因鉴定，差异分析和功能分析

6. 单细胞数据整合分析、批次校正

单细胞数据可视化

绘制和理解单细胞分析常见图形

生信基础知识

1. Linux/Windows下Rstudio和Linux命令的使用

2. Linux/Windows下转录组分析流程的搭建

生物学家必要掌握的Shell和R语言基础知识。

(如果基础薄弱，报名付款成功后，可免费领取基础程序课，做好准备工作, 让程序成为我们的得力工具而不是学习新知识的绊脚石。)

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• Hemberg-lab单细胞转录组数据分析（二）- 实验平台

• Hemberg-lab单细胞转录组数据分析（三）- 原始数据质控

• Hemberg-lab单细胞转录组数据分析（四）- 文库拆分和细胞鉴定

• Hemberg-lab单细胞转录组数据分析（五）- STAR, Kallisto定量

• Hemberg-lab单细胞转录组数据分析（六）- 构建表达矩阵，UMI介绍

• Hemberg-lab单细胞转录组数据分析（七）- 导入10X和SmartSeq2数据Tabula Muris

• Hemberg-lab单细胞转录组数据分析（八）- Scater包输入导入和存储

• Hemberg-lab单细胞转录组数据分析（九）- Scater包单细胞过滤

• Hemberg-lab单细胞转录组数据分析（十）- Scater基因评估和过滤

• Hemberg-lab单细胞转录组数据分析（十一）- Scater单细胞表达谱PCA可视化

• Hemberg-lab单细胞转录组数据分析（十二）- Scater单细胞表达谱tSNE可视化
  

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定制内容

如果您看到文章中有哪些图或分析工作需要重现，也请提出，一起讲述。

如果您有其它关注的问题，也请报名时提出，把这次课程变成您的定制讲解。

主讲教师

陈同，博士，2015年毕业于中科院遗传与发育生物学研究所，生物信息专业博士，在Cell Stem Cell(IF=23.2，第一作者兼封面文章)，Nucleic Acids Research，Stem Cells and Development等高水平杂志以第一作者或主要作者发表文章，运营有数万人关注的《生信宝典》微信公众号，给你不一样的学习生信体验。

刘永鑫，博士。2008年毕业于东北农大微生物学专业。2014年中科院遗传发育所获生物信息学博士学位，2016年博士后出站留所工作，任宏基因组学实验室工程师，目前主要研究方向为宏基因组学数据分析与可重复计算。发表论文10余篇，SCI收录7篇，NBT和Science各一篇。2017年7月创办“宏基因组”公众号，目前分享宏基因组、扩增子原创文章185篇，关注人数5万+，累计阅读千万次。

授课模式

本课程以讲解流程和实际操作为主，采用独创四段式教学，封装好的代码全部分享，随处可用：

• 第一阶段 3天集中授课；

• 第二阶段 自行练习2周；

• 第三阶段 在线直播答疑；

• 第四阶段 培训视频继续学习；

• 实现教-练-答-用四个环节的统一协调。

培训时间

2019-04-17到 2019-04-19 (线下讲解实战)
每天早9点到晚6点，半封闭式教学 (最后1小时为集中讨论时间，最后一天会稍微提前一些，多留出时间讨论，也方便老师乘车返回)
报到时间：开课当天

授课地点

北京市西城区鼓楼附近

课程价格

1. 开课两周前报名  4500 元/人

2. 名额有限，每次课程报名满40人后自动关闭报名通道 （老学员不受限）

3. 提供易汉博基因科技实习机会或工作机会

课程福利

1. 座位按报名并缴费或预付款成功顺序从前到后龙摆尾式排序

2. 赠送价值99元程序基础课一份 (http://bioinfo.ke.qq.com)

3. 多人 (N，10>N>1) 组团报名并同时缴费，每人还可减免N-1百元 (最高500)

4. 赠送金士顿U盘一个（32G含培训数据和脚本）

5. 附推荐与分享对应的招生信息到朋友圈，截图发到[email protected] 可获得200元生信宝典腾讯课堂课程优惠券（可拆分供多个课程使用）

6. 易生信同时推出多门相关课程，连报优惠——同时选2门课，95折；三门课9折，4门及以上85折。还可与团购同时优惠！扩增子(项目初探)+宏基因组(高精尖)，祝你分析水平更上一层楼。

7. 免费获得价值3998元的线下课程录屏（有效期一年）

注意事项 *

1. 需自备笔记本电脑，推荐使用win10系统（MAC也可），4G以上内存(推荐8G)。

   课程实践根据需要会提供云计算平台

2. 培训班所有数据，文档为内部资料，仅供参阅，未经允许不得翻印外传登刊

3. 上课期间禁止录音，录像

4. 成功付款的学员，若临时有紧急事情不能到来的，可申请延期，更换后续培训班；

   也可申请退款

5. 若临时有事不能参加，请提前联系。

   开课前两周退报，预付款全退。

   开课前两周内，预付款退800元，开课前一周内，预付款退500，开课前两天，预付款不退。

   不可先延期再退款

更多课程的详细介绍，请扫描下方二维码。

复制以下链接http://www.ehbio.com/Training/ 或 点击阅读原文跳转报名页，成为实验中不可或缺的人，赶快报名吧！