ubuntu下安装FSL 6.0.3记录

最近在学习医学影像处理软件FSL，主要是处理脑影像方面的处理。
软件官网https://fsl.fmrib.ox.ac.uk/fsl/fslwiki/

先说一下正常的方法以及不建议使用的原因：
官网给出了安装方法，先下载一个py文件，然后终端输入命令安装。

这种方法需要在python2.*的环境下安装，输入指令后安装。
这种方法是官方给的，但我尝试多次后不可行。因为下载的文件有近4G大小，外网下载速度非常慢，往往1%下载不到就不断报错，报错5次左右后，会提示安装失败。

前前后后花了很长时间在安装上，期间网上各种的方法基本全试过了，版本都低，均为5.0.*版本的，或者就是照抄官网教程，但根本不可行，下载速度非常慢而且总是失败。

下面是我亲测的安装方式，可以安装最新的6.0.3版本：

在虚拟机中运行的Ubuntu 14.04系统，之所以没有使用比较新的16.04和18.04，考虑到这两个自带的python版本较高，切换到python2.*比较麻烦，就省事用14.04。后面还会测试在16.04版本系统下的安装。

一、下载软件包

下载地址：http://fsl.fmrib.ox.ac.uk/fsldownloads/fsl-6.0.3-centos6_64.tar.gz
把地址输入到浏览器地址栏就会弹出下载，可以选择迅雷等工具下载。
这里显示的是CentOS系统的安装包，但不用注意这点，实测在Ubuntu下也可以使用。

这里注意，使用迅雷下载较慢，使用迅雷会员后仍然非常慢，要下十个小时左右。

我使用的是百度云下载，在迅雷里该任务上，右键->复制下载链接。
然后打开百度云，打开离线下载，

在下拉菜单里选新建下载，吧链接粘贴进去（其实就是上面给的下载链接）

先使用百度云下载到网盘中，因为是云上下载，速度非常快，实测几秒就可以下载到网盘里。

然后下载到本地。建议使用百度云会员下载，速度近10m/s，十分钟就下载到本地，速度非常快！

下载后，使用双系统的同学可以拿u盘拷贝，使用虚拟机的同学可以使用VMTools拷贝到虚拟机中，相关教程很多，这里不再赘述。

二、安装

解压缩到要安装的文件夹。推荐和我一样解压缩到/usr/local目录下

有可能会出现权限不足的问题无法解压缩，可以在usr目录中打开终端，输入
sudo chmod -R 777 local
输入密码后，打开权限
因为我在运行FIRST部分的数据时，出现问题，官网的教程中给出提示，如果安装目录不为/usr/local会出现出问题

三、配置环境变量

因为我这是新的系统，没有vim，这里就使用最原始的办法。
打开主文件夹，然后 Ctrl+h 显示隐藏文件，找到.bashrc

打开，在文件末尾粘贴如下，然后保存

export FSLDIR=/usr/local/fsl
export PATH=$PATH:$FSLDIR/bin
source $FSLDIR/etc/fslconf/fsl.sh

如图所示：

如果安装路径和我不同，那就更改相应的路径，最终都指向fsl.sh文件就行。

最后终端输入fsl即可打开软件，确定安装的是6.0.3版本

到此安装成功。

如果有帮到你，请收藏！