事出有因
一周前，我的笔记本电脑（联想拯救者 i5 7300HQ 1050Ti 8G ）因为升级内核的原因，出现了无法关机的原因，具体就是卡死在关机界面。我是个菜鸟，所以就只能强行关机。但到了最后也没找到原因。作为把Ubuntu做为第二系统逐渐转化成第一系统的生物狗来讲，我觉得最好的方法就是，等几天18.04lts出来了，我也去尝尝鲜。结果就是尝鲜失败。毕竟不是专业人士，网上教程也比较少。所以，我还是回到16.04lts吧，我想通过记录来让我以后还能回忆的起来具体操作。因此，开了这个调教记来记录我在调教系统的时候做的事情。大概分为几节吧，我会在后来的时间里面逐渐调教，逐渐记录。
都是Nvidia惹的祸（让我们ppa吧）
事出有因那一节已经提到了，就是这个笔记本电脑如果不安装正确的Nvidia显卡驱动就会出现关机卡死的问题，当然找到这个问题的过程还是比较心酸的，最初以为是我用电脑算了转录组数据然后导致电脑崩溃了.....。好吧闲话少叙，在这一节我们就来说说怎么安装Nvidia的驱动。
参考了很多的网友方法，然后感觉条理比较清晰的并且亲测有效的是这位博主的：
http://geeknerd.me/2017/10/16/ubuntu-nvidia-driver.html
由于那个博主使用的英文写的教程，所以我就在这个地方用中文写一下。以便参考
首先，需要禁用 nouveau 驱动（这个驱动是Ubuntu自带的驱动的程序），建议这个以下的步骤都在命令行进行（通过Ctrl+Alt+F1）进入命令界面。也不用担心界面你不熟悉的问题，你可以先把下面命令写到一个文本里面以便于在后期才看。
先安装一些后期会用的工具。
Vim文档编辑器
sudo apt-get update
sudo apt-get install vim
进入命令界面后，更改系统黑名单中的禁用名单。
sudo chmod 666 /etc/modprobe.d/blacklist.conf
sudo vim /etc/modprobe.d/blacklist.conf
添加以下黑名单列表在blacklist.conf文本后面
blacklist vga16fb
blacklist nouveau
blacklist rivafb
blacklist rivatv
blacklist nvidiafb
安全起见，将blacklist.conf的权限修改回去
sudo chmod 644 /etc/modprobe.d/blacklist.conf
更新内核,并重启
sudo update-initramfs -u
sudo reboot
同样在命令行中对禁用情况进行核实
lsmod | grep nouveau
然后，安装NVIDIA 驱动
首先添加ppa源
sudo add-apt-repository ppa:graphics-drivers/ppa
sudo apt-get update
然后寻找最佳的驱动
ubuntu-drivers devices
我的结果是这样的
我的结果是可以安装推荐的 nvidia-396 这个三方驱动因此就安装这个吧
关闭可视化界面
sudo service lightdm stop
sudo apt-get install nvidi-396
安装的时间很长（另外需要注意的是应该关闭BIOS 中的Secure boot 这个选项）
然后安装好后重启电脑就可以了
sudo reboot
检查是否安装到位
sudo nvidia-smi
sudo nvidia-settings
OK 搞定，这个就是如何在Ubuntu环境下通过添加ppa源进行Nvidia显卡驱动的方法。
外面的世界很精彩（让我们去观世界）
世界很精彩，那么大的世界，我也想去看看。
作为一条生物科研人员（gou）的日常不能少了Google schola.
因此在这一节我们将基于前期已经搭建好了的VPS，对本地的Ubuntu系统科学上网进行调试与配置。
参考的的有两个博文
https://blog.csdn.net/billluffy/article/details/78920578
https://github.com/mengmengmengqiang
以下是具体的方法
首先，设置本地SSR
由于我们的安装包依赖于git 上的托管项目，因此需要先安装git在Ubuntu上
sodu apt-get update
sudo apt-get install git
安装SSR Ubuntu Client
从github上克隆此项目
sudo git clone https://github.com/mengmengmengqiang/shadowsocksr-linux-client-CLI.git
cd ~/shadowsocksr-linux-client-CLI/
sudo cp ssr /usr/local/bin
sudo chmod 777 /usr/local/bin/ssr
ssr install
ssr config
这个时候需要输入一些关键参数包括服务器IP以及端口以及一些加密方式等。这些填好了后保存就好了（这个填写可以用Vim也可以用Gedit编辑器）
这样就初步配置好了这个ssr，但是每次登录都得需要ssr start 一下来启动这个本地代理，因此需要设置开机启动项目。
所以需要配置开机启动。我们参考的 https://github.com/mengmengmengqiang/shadowsocksr-linux-client-CLI 方法进行配置ssr.server
# 创建服务控制文件并且进入编辑模式
vim /lib/systemd/system/ssr.service
以下斜体内容是这个项目的内容，只需要copy进去就行了
# 服务控制文件内容：
[Unit]
# 描述服务
Description=shadowsocksR CLI client
# 用于指定服务启动的前置条件
After=network.target
# 帮助文件的地址如http://baidu.com/ ，可缺省
Documentation=https://github.com/mengmengmengqiang/shadowsocksr-linux-client-CLI
Wants=network.target
[Service]
Type=forking
PIDFile=/var/run/shadowsocks.pid
# 服务启动命令，此项必填
ExecStart=/usr/bin/python /usr/local/share/shadowsocksr/shadowsocks/local.py --pid-file /var/run/shadowsocks.pid -d start -c /usr/local/share/shadowsocksr/config.json
# 服务终止命令，可缺省
ExecStop=/usr/bin/python /usr/local/share/shadowsocksr/shadowsocks/local.py --pid-file /var/run/shadowsocks.pid -d stop -c /usr/local/share/shadowsocksr/config.json
# 用来定义如何启动，以及是否开机启动
[Install]
# 当服务开机启动后，会放入什么文件夹，影响启动顺序
WantedBy=multi-user.target
然后通过命令保存文件退出并运行命令刷新守护进程
sudo systemctl daemon-reload
这样每次都会在开机的时候都会启动ssr start这个命令
如果后期要配置这个ssr就可以用一下命令
# 修改ssr.service服务控制文件之后刷新守护进程
sudo systemctl daemon-reload
# 设置ssr开机启动
sudo systemctl enable ssr.service
# 取消ssr开机启动，并取消服务
sudo systemctl disable ssr.service
# 开启ssr服务
sudo systemctl start ssr.service
# 关闭ssr服务
sudo systemctl stop ssr.service
# 查看ssr服务状态
sudo systemctl status ssr.service
其次，配置浏览器
浏览器采用的是Firefox浏览器和Foxyproxy的组合。
由于，Foxproxy的版本升级，网上很多都没有这个新版本的配置方法，所以在这个地方我也写写我自己的配置方式。
首先下载最新版本的Foxproxy，Firefox为Ubuntu 16.04.4 lst 版本自带的
选择的是标准版 （standard）
然后就开始配置，点击Preferences（中文为首选项）
点击Add键进入配置
进入配置后很简单，配置一些常规的网站就好了。这个配置的方式很简单，比如说 要去看看谷歌 就在patterns 匹配的地方写 *google*,这样就可以把所有含有google的关键字的网址都通过代理进行传输其中也包括科学神奇 google scholar 。
最后，配置终端
配置终端参考 https://blog.csdn.net/billluffy/article/details/78920578 的博文。
大概的方法就是先安装privoxy这个软件
sudo apt-get update
sudo apt-get install privoxy
然后进入配置列表
sudo vim /etc/privoxy/config
在两个地方进行编辑
第一个地方是在：
第二个地方是在：
然后配置环境变量
export http_proxy="127.0.0.1:8118"
export https_proxy="127.0.0.1:8118"
然后尝试一下
wget http://www.google.com
返回结果应该是这样的
最后再通过修改全局变量（我习惯修改全局变量，当然你也可以修改局部变量进行）
vim /etc/profile
在最后加入
export http_proxy="127.0.0.1:8118"
export https_proxy="127.0.0.1:8118"
保存后输入
source ~/.bashrc
就可以了。
我是一个中国人（Sogou 拼音的Ubuntu安装）
安装好了以上的东西就基本上可以开始进一步弄后面的了。
安装Sogou拼音是为了以后写东西和记录东西，所以首当其冲。
安装过程参考 http://www.linuxdiyf.com/linux/22075.html 博文进行安装
首先，配置Fcitx
添加Fctix的PPA源
sudo add-apt-repository ppa:fcitx-team/nightly
sudo apt-get update
安装Fctix
sudo apt-get install fcitx
sudo apt-get install fcitx-config-gtk
sudo apt-get install fcitx-table-all
sudo apt-get install im-switch
其次，安装Sogou拼音
先到官网去选择64位的安装包然后下载到对应的文件夹里面。
我的是下载到 Download 文件夹因此执行以下命令
sudo cd ~/Download/
然后执行安装操作
sudo apt-get install -f
sudo dpkg -i sogoupinyin_2.2.0.0108_amd64.deb
最后，配置系统设置
进入系统设置里面
设置Fcitx为默认输入方式
然后再重启后选择fcitx的配置软件进行配置即可
好了，到这里基本上就可以使用了。后期我们会进一步介绍，如何在Ubuntu下利用Zotero工具进行文献或者网友的收藏等工作。