我们做reads和基因组比对,有时候需要图形化界面来看比对结果(IGV)。整合基因组浏览器(IGV)是一种高性能的可视化工具,用来交互式地探索大型综合基因组数据。它支持各种数据类型,包括array-based的和下一代测序的数据和基因注释。这里不讲如何安装IGV,就讲怎么安装VNC viewer。
首先,VNC viewer不能在root运行,如果你是root用户,请先创建一个其他用户,比如yourname,代码如下
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sudo useradd -m -d /home/yourname yourname
sudo passwd yourname
sudo nano /etc/sudoers #尽量给yourname管理员权限
# change next the row of # User privilege specification
# add yourname ALL=(ALL) ALL
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## for account yourname
sudo apt-get update
sudo apt-get install xorg
sudo apt-get install lxde-core
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## install tightvncserver
sudo apt-get install tightvncserver
tightvncserver :1
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## change the file /home/yourname/.vnc/xstartup
sudo nano /home/yourname/.vnc/xstartup
# Remove the # before #x-window-manager &
# Add the line lxterminal &
# Add the line /usr/bin/lxsession -s LXDE &
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最后的/home/yourname/.vnc/xstartup长这样:
#!/bin/sh
xrdb $HOME/.Xresources
xsetroot -solid grey
#x-terminal-emulator -geometry 80x24+10+10 -ls -title "$VNCDESKTOP Desktop" &
x-window-manager &
lxterminal &
/usr/bin/lxsession -s LXDE &
# Fix to make GNOME work
export XKL_XMODMAP_DISABLE=1
/etc/X11/Xsession
!
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然后杀死程序,重新开启
tightvncserver -kill :1
vncserver :1 -geometry 1440x810 -depth 16 -pixelformat rgb565
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然后下载vncviewer (realvnc或者chrome vnc 插件),如果你的服务器地址是8.8.8.8,端口是1,则登陆地址是8.8.8.8:5901
注意在自己设置的端口前面加590,1就变成5901, 2就变成5902(我也不知道如果端口变成100行不行)
若需上网,可安装 chromium浏览器,代码为 sudo apt-get install chromium-browser
如果长期不用,vncserver会自动失效,所以这时就要重复最后两步骤,杀死程序,然后重新开启