【python】SimpleITK 和 Nibabel 读取医学图像 nii 数据（2D显示）

SimpleITK 和 Nibabel 的区别：

SimpleITK 加载数据是channel_first，即（155，240，240）；

Nibabel 是 channel_last，即（240，240，155），其中155是图像通道数，也就是155张图像，可以把nii看成二维图像，也可以看成三维。

But  nibabel加载出来的图像被旋转了90度，横过来了，不知道什么原因~亟待解决~

• SimpleITK

import SimpleITK as sitk
import skimage.io as io

def read_img(path):
    img = sitk.ReadImage(path)
    data = sitk.GetArrayFromImage(img)
    return data
#显示一个系列图
def show_img(data):
    for i in range(data.shape[0]):
        io.imshow(data[i,:,:], cmap = 'gray')
        print(i)
        io.show()

#单张显示
def show_img(ori_img):
    io.imshow(ori_img[60], cmap = 'gray')
    io.show()

path = 'F:/my_data/t1ce.nii.gz' #数据所在路径
data = read_img(path)
show_img(data)

• Nibabel

import nibabel as nib
import matplotlib.pyplot as plt

def read_data(path):
    image_data = nib.load(path).get_data()
    return image_data

def show_img(ori_img):
    plt.imshow(ori_img[:,:,85], cmap = 'gray') #channel_last
    plt.show()

path = 'F:/my_data/t1ce.nii.gz'
data = read_data(path)
show_img(data)

 

欢迎批斗～～～