Hub 基因分析

1. 关键基因（hub gene）

• 关键基因（hub gene）是在生物学过程中发挥至关重要作用的基因，在相关通路中，其他基因的调控往往要受到该基因的影响
• 因此， hub gene 往往是重要的作用靶点和研究热点
• 可以通过共表达或蛋白相互作用构建互作网络，然后根据网络拓扑结构筛选关键基因

2. Cytoscape 筛选关键基因

• 通过Cytoscaoe 构建蛋白/基因的互作网络后，较多的node 和edge 往往会掩盖真正的关键基因，影响筛选过程。
• 通过算法对网络结构和节点间加权重联系的计算分析，可以筛选出重要的hub gene

3. CytoHubba

• CytoHubba 是Cytoscape 插件
• 通过12种算法，较为准确地找到hub gene

• 安装

  
  
  

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• 导入差异表达基因

  
  
  

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  颜色越深越重要

4. 点击export 导出12种算法数据比较

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• 如果12种算法都觉得这个基因重要，说明这个基因很有研究意义，下图是12种基因重要性排序

  
  
  

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